[求救] Non-coding RNA 查序列

看板Biotech (生命科學)作者 (欣承男孩)時間10年前 (2015/02/26 12:36), 編輯推噓4(402)
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就是 我最近剛從NGS的data中找到一群我有興趣想觀察的non-coding RNA 由於有些目前還沒有人做過 所以在NCBI中搜尋不到序列 目前已知的資訊是那些ncRNA在Genome上的位置跟ID 想詢問說有什麼網站或軟體可以直接藉由上述兩樣資訊來尋找其cDNA的序列 以及gDNA的序列 如果能一起查到Exon及intron的資訊會更好喔 謝謝~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.121.119 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1424925370.A.BC5.html

02/26 12:54, , 1F
不是人的? 是人的,有位置與ID應該有序列阿
02/26 12:54, 1F

02/26 13:26, , 2F
UCSC or ensembl
02/26 13:26, 2F

02/26 16:36, , 3F
有在ensemble嗎? 可以從export data把設定區域的序列
02/26 16:36, 3F

02/26 16:36, , 4F
可以從export data把設定區域的序列存成fastA
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02/27 03:39, , 5F
Just blat it or blast it first
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03/20 09:10, , 6F
推 UCSC。比 Ensemble 直觀多了。
03/20 09:10, 6F
文章代碼(AID): #1KxgAwl5 (Biotech)
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