[討論] NGS中的 "depth"
大家好
在看"Single-base resolution analysis of active DNA demethylation using
methylase-assisted bisulfite sequencing" 這篇paper
期刊: Nature Biotechnology (p.1231~p.1243)
是epigenetic的相關文章
其中看到定序的"depth"
我看不太懂
假如我用high-throughput sequencing
然後又說 sequenced to an average depth of 238X and 307X per cytosine
我實在不懂這depth是什麼意思以及所影響的是...?
這個"depth" 變多或變少又有什麼影響呢?
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 111.251.112.120
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1427005079.A.096.html
推
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原來阿!!
那請問通常多少以上才是符合統計水準呢?
我怎麼看他有時候才大於等於5或大於等於10...
※ 編輯: yayayoyi (111.251.112.120), 03/22/2015 14:33:59
推 Ianthegood: 至少都100吧
他都是per cytosine 或per CpGs
這樣來說如果depth >5
樣本數還是很小啊
這樣怎麼說的過去
但這是出自nature的餒
該如何合理化這一切...
※ 編輯: yayayoyi (111.251.118.160), 03/22/2015 19:35:55
※ 編輯: yayayoyi (111.251.118.160), 03/22/2015 19:36:34
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