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[討論] Affymetrix microarray 分析方法

看板Biotech (生命科學)作者 (你好)時間10年前 (2015/04/23 17:01), 編輯推噓5(5推 0噓 6→)
留言11則, 3人參與, 最新討論串1/1
各位前輩大家好 小弟我分析 Microarray 做了3個月， 流程幾乎都是做 QC (MAS5)→挑出不好的 chips →觀察資料(spike-in control plot heatmap , box plot , all genes plot MDS) →使用 LIMMA 分析→挑出差異表現量基因→將差異表現量基因放在 KEGG pathway觀察 以上是分析 Microarray 粗略的流程~ 請問各位前輩我做到最後一步，還可以如何進階分析! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 120.126.47.111 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1429779697.A.CB6.html
推
04/23 21:43, , 1F
跑個co-expression network，最近好像很多人這樣用
04/23 21:43, 1F
→
04/23 21:55, , 2F
謝謝大大~我會上網查了解一下!!
04/23 21:55, 2F
推
04/24 01:46, , 3F
有沒有臨床資料 根據資料型態 可以做一些回歸統計
04/24 01:46, 3F
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04/24 09:17, , 4F
沒有臨床資料唷-_-" 另外因為microarray變數數目大於
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04/24 09:17, , 5F
樣本數 所以回歸不能做
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推
04/25 01:21, , 6F
PCA analysis 利用PCA的緯度 來找出重要的factor
04/25 01:21, 6F
推
04/25 10:10, , 7F
GSEA也可以用看看 筆電就可以跑了
04/25 10:10, 7F
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04/26 11:25, , 8F
WOW, 謝謝大大的指點! 因為本科系是統計...所以對這
04/26 11:25, 8F
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04/26 11:25, , 9F
塊非常的陌生-_-"
04/26 11:25, 9F
推
04/26 19:50, , 10F
科 我反而羨慕統計系的 程式只是工具 最後還是回到連
04/26 19:50, 10F
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04/26 19:50, , 11F
續資料或類別資料的統計
04/26 19:50, 11F
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