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[求救] 關於 Bacillus 屬的鑑定

看板Biotech (生命科學)作者 (kimi~)時間10年前 (2015/05/15 20:52), 10年前編輯推噓4(4推 0噓 14→)
留言18則, 5人參與, 最新討論串1/1
各位前輩大家好 這陣子在鑑定從土壤中分離到的細菌菌株，遇到了一些問題 希望可以在這邊獲得解答... 我目前是以16S rDNA的基因先解序 解序出來的結果去NCBI跑BLAST， 跑出來的前50個結果都是同一屬的，種之間則是有些差異 (即自己的菌株結果皆為Bacillus，其中一隻菌株則是Brevibacillus) 而且 E value 皆為0、Ident 皆為99% 左右 我將其中幾個BLAST結果的序列下載下來(包含不同種的)， 利用ClustalW2網站或mega軟體去跑親緣樹 但發現畫出來的樹都醜，親緣關係都很遠 甚至我拿NCBI網站得到的Brevibacillus之序列去比對， 其中一隻Bacillus的親緣關係竟然比原本鑑定為Brevibacillus的那隻菌還來的更近 (但前者跑BLAST完全沒有Brevibacillus的結果QQ...) 現在遇到瓶頸了。 起初選用16S rDNA的基因是認為他保留性很高，應該很好鑑定 但仔細想想，或許這樣反而不好將菌株鑑定得太仔細... 也很困惑到底是選錯了基因、還是我的操作方式出了問題Q_Q... 我現在重新思考幾個解決方式： 1. 選用其他 Bacillus 的其他基因，做多基因序列比較： 這方法或許是最佳也最省錢(?)，但其實我這兩個月有些水深火熱， 再加上找文獻做實驗的時間，實在很擔心。 又若找尋的基因不完全適合鑑定自己的菌株...感覺或許是又繞了一大圈T_T 2. 使用人工試驗套組： 這是剛剛查文獻時看到的方式，選用的是 API 50 CHB 這個套組 其是可以鑑定22種的 Bacillus 及其相似種 已經有多篇paper用過，疾管局亦有公告此檢測方式 但我們實驗室沒有這種東西...剛剛也查不到到底是哪間販售的 Orz 不知道有沒有人使用過呢？ 因為其是以菌株的碳水化合物利用來鑑別，不知道這樣的生理生化的方式， 鑑定的結果是否會比分子生物學更加準確... 另有查詢到另個套組，是 Microgen® Bacillus ID 號稱鑑定出來的準確率比前者還高，但我一查他的售價要一萬台幣..... 以本實驗室的財力，無法應付 Orz... 我並沒有要鑑定到太過詳細的資訊 老師希望我至少要鑑定到種... 我想老師會希望我用最省錢的方式，得到最正確的結果 (廢話) 這樣看來是否還是方法1較為推薦呢....? 由於本人的研究領域並非在分子生物學Q_Q...所以對這方面蠻苦手的 還請大家鞭小力一點，並請多多指教... 非常感謝！！！ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 121.254.66.252 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1431694359.A.ECE.html
推
05/16 21:15, , 1F
p出來片段多長? 通常就是最上面那個 鑑定沒有在跑樹的
05/16 21:15, 1F
P出來片段都是1600 bp左右，但出來的結果數值都很接近，所以真的無法確定.. 而且我拿前幾個分別去align，相似值卻都很低..所以很納悶
推
05/17 09:22, , 2F
AP啟新有 這偏生化特性 或者有考慮直接送出去鑑定嗎
05/17 09:22, 2F
請問是指將菌株直接送AP鑑定嗎? 有公司有這類的服務嗎>"<? 不然我也很想這樣T_T...
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05/17 10:16, , 3F
Identity 99%，長度 1600，表示只差16個bases的不同。那很高
05/17 10:16, 3F
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05/17 10:17, , 4F
了耶。但是，你要仔細看 NCBI 做 Blast 有可能不是拿全長啊
05/17 10:17, 4F
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05/17 10:17, , 5F
在 blast 時用到的序列長度，和你下載時的序列長度很可能不
05/17 10:17, 5F
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05/17 10:18, , 6F
一樣。畫親緣樹會有極大差異是可以預見的。所以，NCBI 只會
05/17 10:18, 6F
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05/17 10:19, , 7F
讓你知道有哪些很接近的東西，但是進一步的序列全長分析，
05/17 10:19, 7F
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05/17 10:20, , 8F
你在要分析網站或軟體上微調一些條件。這一方面，你最好看一
05/17 10:20, 8F
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05/17 10:20, , 9F
下相關的 papers，看條件設定是怎麼設的。
05/17 10:20, 9F
沒錯，我blast之後的片段大小幾乎都是兩千多的@@... 這確實在讓我畫親緣樹或align時有點困惑... 謝謝您的解釋和建議，我會再去請教老師或有做相關實驗的同學>"< 或是看看相關paper 真的很謝謝大家的意見!!!
推
05/18 11:20, , 10F
今日儀器有賣API套組，啟新好像是賣Remel-RapID，這類
05/18 11:20, 10F
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05/18 11:20, , 11F
的生化鑑定套組通常是為了方便(節省配製時間)得知菌種
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05/18 11:20, , 12F
的生化特性，價錢不便宜，試劑條或試劑的期限大概半年
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05/18 11:20, , 13F
到一年。至於試驗結果的顏色判讀算是比較主觀，但也是一
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05/18 11:20, , 14F
個數據啦~
05/18 11:20, 14F
推
05/18 11:26, , 15F
對了，鑑定Bacillus的primer, 16S rRNA可能差異不大，
05/18 11:26, 15F
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05/18 11:26, , 16F
有看過paper用其他基因片段做鑑定，你或許可以試試
05/18 11:26, 16F
謝謝樓上!!! 啟新我昨天找了一下，好像沒有賣API，剛剛有去信詢問今日儀器了! 我問了曾經做過此屬細菌的同學(早該問了Orz...)，確實他說16S rRNA分不太開 得要利用Biolog或其他的生理生化才能確認其屬... 至於需要哪些測試就得要看我自己的需求了！ 真的很謝謝大家的解答...T_T 如果有大大有做過此屬的API測試，是否也請能分享一下經驗呢? 謝謝！ ※ 編輯: kimisky (140.120.196.16), 05/18/2015 13:52:37
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05/19 21:31, , 17F
今天詢問廠商了，果然是非常不親民的價錢...Orz
05/19 21:31, 17F
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05/19 21:31, , 18F
我再跟老師討論看看要不要直接換做 Biolog 好了~謝謝大家
05/19 21:31, 18F
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