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[求救]序列該如何判別位於哪條基因上

看板Biotech (生命科學)作者 (hippo泡)時間10年前 (2015/05/29 02:02), 編輯推噓3(3推 0噓 17→)
留言20則, 8人參與, 最新討論串1/1
請問我有有了染色體上序列的位置 EX: 54531-56881 我有什麼工具可以知道這條位於什麼基因上呢? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 61.231.195.241 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1432836161.A.636.html
推
05/29 04:52, , 1F
ensembl
05/29 04:52, 1F
→
05/29 05:31, , 2F
上面只能一條條找嗎?
05/29 05:31, 2F
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05/29 05:31, , 3F
有沒有可以輸入位置就出現該基因的資料的程式呢
05/29 05:31, 3F
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05/29 05:31, , 4F
ensembl上的資訊有點雜看不懂..
05/29 05:31, 4F
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05/29 05:36, , 5F
UCSC genome browser
05/29 05:36, 5F
推
05/29 10:45, , 6F
ensembl 右上搜尋列打 染色體:54531-56881
05/29 10:45, 6F
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05/29 10:46, , 7F
搜尋就會自動列出該片段上annotated的基因了
05/29 10:46, 7F
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05/29 17:47, , 8F
拿到 NCBI 去 Blast 一下就會出現相關聯結了。
05/29 17:47, 8F
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05/29 17:54, , 9F
原po說的是染色體位置,不是序列,blast不能直接key位置吧
05/29 17:54, 9F
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05/29 17:56, , 10F
原po順便要考慮你用的位置版本,版本不同的位置標示就有差
05/29 17:56, 10F
→
05/29 23:28, , 11F
我想問一下有沒有哪裡能下載物種基因的資料庫呢?
05/29 23:28, 11F
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05/29 23:28, , 12F
像是1-1000A gene
05/29 23:28, 12F
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05/29 23:28, , 13F
1000-20000 B gene
05/29 23:28, 13F
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05/29 23:28, , 14F
這種數據呢
05/29 23:28, 14F
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05/29 23:28, , 15F
這樣我讓程式去跑會方便很多
05/29 23:28, 15F
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05/29 23:35, , 16F
UCSC table browser可以選物種並輸出GTF格式
05/29 23:35, 16F
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05/30 00:22, , 17F
有位置就應該有序列，所以我才會直接假設它有序列……
05/30 00:22, 17F
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05/30 00:23, , 18F
另外，blence 提到的版本問題不能忽略——如果只有位置。
05/30 00:23, 18F
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05/30 03:34, , 19F
瞭解 我會去嘗試看看謝謝各位
05/30 03:34, 19F
推
05/30 23:53, , 20F
把註解資訊跟ref放在igv上 應該可以解決你的問題
05/30 23:53, 20F
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