[討論] CDNA上生物標記

看板Biotech (生命科學)作者 (hippo泡)時間10年前 (2015/07/09 17:27), 10年前編輯推噓2(2024)
留言26則, 9人參與, 最新討論串1/1
在查資料時 發現生物標記大多在dna上做 為何不在cdna上做呢? 有沒有相關的文章或是討論可看看 -- Sent from my Android -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 36.224.116.20 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1436434022.A.3D3.html

07/09 18:31, , 1F
細胞內有cDNA可以做生物標記嗎
07/09 18:31, 1F

07/09 19:16, , 2F
是沒有 不過萃取出CDNA再來找其上的功能或疾病類片
07/09 19:16, 2F

07/09 19:16, , 3F
段標記沒有意義嗎?
07/09 19:16, 3F

07/09 19:22, , 4F
若細胞內沒有cDNA,何來萃取出cDNA呢?
07/09 19:22, 4F

07/09 20:44, , 5F
如果是要找疾病相關的基因片段,用NGS就好了!效率快
07/09 20:44, 5F

07/09 20:44, , 6F
很多,說不定還比較省錢
07/09 20:44, 6F

07/09 20:45, , 7F
呃 mRNA自己轉? 還是我搞錯cDNA 不是不含intron的
07/09 20:45, 7F

07/09 20:45, , 8F
轉錄體嗎..抱歉我對這沒有很熟
07/09 20:45, 8F

07/09 22:44, , 9F
應該說憑你的目的來決定方法
07/09 22:44, 9F

07/09 22:58, , 10F
轉cDNA需要的anzyme你確定一般細胞有?!
07/09 22:58, 10F

07/09 23:13, , 11F
恩...所以沒有用處嗎..? 因為實驗想做這個 可是不確
07/09 23:13, 11F

07/09 23:13, , 12F
定在cdna上找到底有沒有用處所以上來問問看
07/09 23:13, 12F

07/10 07:38, , 13F
....你要不要先講清楚你打算怎麼作 病人檢體去分析?那是沒
07/10 07:38, 13F

07/10 07:39, , 14F
有"天然"CDNA的, 你可以抽total RNA後作microarray那就是
07/10 07:39, 14F

07/10 07:39, , 15F
你所謂的cDNA分析, 不過這年頭RNA-seq更夯
07/10 07:39, 15F
我不清楚 找到後可以幹嘛.. 我的狀況是 本身實驗室在研究找生物標記的方法 (資工) 可是有些品種只有轉錄體的資 料庫 因此在想在轉錄體上找是否有意義..

07/10 08:00, , 16F
mRNA 才是細胞內不含 intron 的轉錄體。
07/10 08:00, 16F
抱歉 我後來去查清楚 用懂了 謝提醒

07/10 13:50, , 17F
為什麼要在mRNA上做呢 意義是什麼
07/10 13:50, 17F
不知道..所以想來問問看有沒有意義或是為什麼無意義:( ※ 編輯: stevekevin10 (36.224.116.20), 07/10/2015 16:54:12

07/10 17:07, , 18F
我覺得一開始問題沒說清楚也沒用對關鍵字,回答只能用猜的
07/10 17:07, 18F

07/10 17:11, , 19F
你的"轉錄體"可能是exome或cds之類的序列,但都還是在講DNA
07/10 17:11, 19F
您是指 我指的轉錄體資料庫嗎 ※ 編輯: stevekevin10 (36.224.116.20), 07/10/2015 17:12:11

07/12 07:10, , 20F
你可能需要面對面地和生物人談論一下。另外,選 DNA 而不選
07/12 07:10, 20F

07/12 07:11, , 21F
其他生物體內的轉錄資訊,一來可能是因為轉錄資訊的多型性,
07/12 07:11, 21F

07/12 07:13, , 22F
二是轉錄體本身"半哀期"短而量又經常變化,三是樣品穩定度
07/12 07:13, 22F

07/12 09:10, , 23F
如果是SNP或indel當生物標記,在DNA上不會遇到表現問題
07/12 09:10, 23F

07/12 09:11, , 24F
你要看的沒表現的話,用RNA或cDNA就看不到了
07/12 09:11, 24F

07/12 09:13, , 25F
如果是特異性表現的基因當作生物標記,如癌症相關的生長
07/12 09:13, 25F

07/12 09:14, , 26F
因子,那用cDNA做看表現量,或用蛋白質做都有
07/12 09:14, 26F
文章代碼(AID): #1LdZvcFJ (Biotech)
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