[求救] 有關質體定序

看板Biotech (生命科學)作者 (POLOMI)時間9年前 (2016/06/24 21:12), 編輯推噓1(1020)
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發問時請注意,若是要問實驗相關的問題,請將實驗的步驟、所用的條件大致列出 以方便板友幫您追蹤問題 若是求救事項涉及實驗室智慧財產(例如細胞細菌植株、質體載體等)之分讓, 請務必註明貴實驗室願意設立 正式合作 簽署材料分讓協議(MTA),否則版工將逕行刪除 ----請將上列注意事項以 ctrl + k 刪除後開始編輯文章---- 有關質體的定序問題 我是用pUC18作為載體, 送入一段約1.1K的序列。 以BamHI/EcoRI作為切位, 過程中都有跑膠切膠純化。 定序之後結果都有很多不同的點突變產生, 後來也將原本的pUC18送去定序, 利用其質體上M13F-40與M13R-48去定序。 兩者中間為MCS片段, 與原本的pUC18序列比對, 發現在465位置上少了一個G, 1062位置的A變成了T。 http://imgur.com/C9iLMBN
這是否代表了我的pUC18是確定有問題的。 也造成了質體是否會影響細菌不正常生長的可能性? 而我也有做藍白篩篩選, 在DH5a下送入pUC18 的確會產生藍斑的。 請求各位幫助了。 邁入碩班的第三年了... -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 120.107.165.123 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1466773921.A.4BC.html

06/24 21:24, , 1F
定訊螢光訊號的圖呢?然後要去找到這個突變點在哪裡不
06/24 21:24, 1F

06/24 21:25, , 2F
是很簡單?那就看看有沒有突變在重要的 feature 上啊!
06/24 21:25, 2F

06/24 21:28, , 3F
喔好,我幫你查完了,突變點在 ori 上,這是很重要的序
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列,但是在我手上的資料那個序列本來就是 T
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我實在很想說而且也說出來了,碩班念完兩年這不是基本
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功中的基本嗎?還是說你不是分生領域的碩班?
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06/24 22:19, , 7F
對不起,我是化學所的碩班.....我會再多加努力的
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06/24 22:22, , 8F
現在吃飯中,今天或明天會放上來定序的訊號圖,可以的話,
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你的 pUC18 的序列是實驗室的前輩給的嗎?有可能是前輩
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給的序列有錯喔。建議你上網搜尋 pUC18 的 序列來比對
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看看。
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另外,你如果是用一般的 Taq polymerase 把 DNA 放大再
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切酵素跑膠純化然後接到 pUC18 的話,1.1K 是有可能有
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突變,通常要做 cloning 的時候用的 polymerase 會是比
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較高級的 High-fidelity polymerase
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有時候定序不要只是看序列,有問題的地方要看該位置訊
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號的 pick 的單一度,有時候可能是誤讀
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猜,不是真的有突變,而是1.1k太長,訊號不佳軟體誤判pick
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加油
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06/25 00:48, , 20F
至於那2個點突變,其實把addgene跟NCBI的pUC18來blast就會
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06/25 00:49, , 21F
覺得pUC18的序列應該不只一個版本
06/25 00:49, 21F
文章代碼(AID): #1NRJ6XIy (Biotech)
文章代碼(AID): #1NRJ6XIy (Biotech)