PTT職涯區 / Biotech (生命科學)

[閒聊] reporter assay從設計到完成需要多久？

看板Biotech (生命科學)作者 ( )時間8年前 (2017/04/18 23:27), 8年前編輯推噓6(6推 0噓 16→)
留言22則, 8人參與, 最新討論串1/1
純粹閒聊 實驗室難免會遇到一些實驗需要與時間賽跑， 以reporter assay來說， 當老闆的可能自星期一交代以下這項工作， 目的是探討一段約500bp的promoter活性， 同時要一起比較若上面帶有與疾病有關的單點突變， 活性又會有什麼變化 由於實驗室必定沒有coustruct，只能從訂primer著手， 所以老闆想看到初步data的話， 大概要給多少時間(自星期一起算)是合理的？ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 180.218.151.4 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1492529269.A.607.html
推
04/19 00:47, , 1F
老闆急，半天都合理。 老闆不急，三年也合理。
04/19 00:47, 1F
推
04/19 00:49, , 2F
如果不是計畫案的充要條件，就放寬心 然後忘記orz
04/19 00:49, 2F
推
04/19 01:01, , 3F
順利3週不順半年
04/19 01:01, 3F
的確急，剩不到四週的時間就要出國給talk 不過沒有概念，還以為這段時間內reporter看到差異時，是不是順便補ChIP 當下問需要多久時沒想太多，想說出國前生出來就好了 後來照時間序算一下也的確要三週才有結果 也就是cloning, site-direct mutagenesis, reporter常規流程各約需一週 看起來我應該沒拖延
→
04/19 01:27, , 4F
要做的事情其實蠻雜的，而且PCR有可能不成功還要試條件等等
04/19 01:27, 4F
→
04/19 01:27, , 5F
，我覺得如果是新手老闆可能要關心一下每個階段的進度比較保
04/19 01:27, 5F
→
04/19 01:27, , 6F
險，熟手也很難說，因為通常同時會需要做其他事情，所以在
04/19 01:27, 6F
→
04/19 01:27, , 7F
不確定背景資料下很難有一個一定的標準
04/19 01:27, 7F
→
04/19 16:30, , 8F
reporter assay有多種吧，你預計怎進行?
04/19 16:30, 8F
是沒有一個標準，所以一開始就先說只是閒聊阿 如果要認真的討論就會涉及細節跟習慣了 以我們來說，一直以來都是用promega dual luciferase system 所以像這次reporter就會設計接到pGL3-basic/-promoter vector 再選個泛用的(Hela)跟主題相關的各一株細胞來測試結果 在台北地區的好處是訂primer跟之後送訂序都有廠商在一天內完成 所以我認為時間上的瓶頸應該是第一次PCR必需要有band 雖然最普遍的人類序列好像買clone省事 但基於期貨運送的耗時與這些序列的特殊性 想三週內完成任務似乎是自己接最快 這次其實有六個不同chr片段需要嘗試 隨便算，想要全部失敗的機率可能只有(0.5^6)=1.56% 幸好今晚剛看這六盤都長了colony了 期望這其中有幾個在下週末就能測試reporter assay結果
→
04/19 16:43, , 9F
可以想想reporter assay從做construct到測定完需要做哪
04/19 16:43, 9F
→
04/19 16:45, , 10F
些事、目前有哪些可以先做，然後定時跟老闆報告你做到哪
04/19 16:45, 10F
→
04/19 16:45, , 11F
裡吧~~
04/19 16:45, 11F
※ 編輯: blence (180.218.151.4), 04/19/2017 22:34:14
→
04/19 23:02, , 12F
很順的話應該是2-3個月
04/19 23:02, 12F
→
04/19 23:04, , 13F
用PERT法估計 最有可能出現DATA的時間在2.8個月左右
04/19 23:04, 13F
推
04/20 06:12, , 14F
如果實驗室不缺經費人力，就找四個人同時進行reporter，chip
04/20 06:12, 14F
→
04/20 06:12, , 15F
，dapa或emsa，只要有一個出來就足以當作preliminary data了
04/20 06:12, 15F
→
04/20 06:12, , 16F
，我們以前paper revise的時候為了跟時間競賽都是全部的人下
04/20 06:12, 16F
→
04/20 06:12, , 17F
來分工
04/20 06:12, 17F
→
04/20 06:15, , 18F
其實reporter細胞也可能是實驗瓶頸啊，以前也遇過試了3-5種
04/20 06:15, 18F
→
04/20 06:15, , 19F
相關細胞，但是有點的根本沒反應，有點的反應不大，也花了
04/20 06:15, 19F
→
04/20 06:15, , 20F
不少時間
04/20 06:15, 20F
推
04/20 11:41, , 21F
剩不到四週還要補ChIP.....
04/20 11:41, 21F
推
05/11 14:52, , 22F
即使是b大 不過reporter assay四週能完成嗎... 好想知道
05/11 14:52, 22F
前面提到共有6組wildtype/mutant片段，到今天算第4週 2週內，其中3組接好wt/mt clone並各別測試一次reporter 3週內，共5組接好wt/mt clone，但只有4組來得及比較reporter 4週內，讓這5組都至少進行過一次reporter或repeat 很可惜第3週結束仍有1組連wt片段的clone一直失敗 懷疑是整個genome不只一套同源序列，可能要重新設計primer配對 考量時間因素後這週就放棄了，反正已有5組可以交差 ※ 編輯: blence (180.218.151.4), 05/11/2017 21:23:11
‣ 更多 blence 的文章
文章代碼(AID): #1OzZ1rO7 (Biotech)
Biotech 近期熱門文章
更多 近期熱門文章 >>
PTT職涯區 即時熱門文章
更多 即時熱門文章 >>
‣ 更多 blence 的文章
文章代碼(AID): #1OzZ1rO7 (Biotech)