[討論] Taqman gene expression assay

看板Biotech (生命科學)作者blence ( )時間7年前 (2017/12/11 21:47)推噓2(2推 0噓 11→)

留言13則, 3人參與討論串1/1

Taqman assay最常用的是FAM或VIC兩種螢光對於同一個基因表現，不知道分別使用不同螢光探針上機那麼獲得的CT會不會有所不同？平常的實驗會把control跟target加入同一種螢光偵測所以不會遇到上面的困擾只是目前實驗會需要在一個tube中同時加入FAM或VIC去偵測target表現而control就不確定只用FAM即可，或要同時加入VIC？因為target_FAM或許可以從control_FAM計算deltaCT 但是target_VIC也跟著control_FAM去計算deltaCT的話，就覺得有些怪怪的這問題詢問專員，回覆提到理論上CT不受螢光種類而有差異不過實際上的有沒有影響，還是詢問一下有沒有人有相關經驗謝謝 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 180.218.151.4 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1513000070.A.0FF.html

推

qiet

12/12 19:56, 7年前 , 1^F

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Thermo的專員認為同一樣品，不同螢光的強度雖然有差，但CT應該會相同不過沒data的話我是存疑

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qiet

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qiet

12/12 19:56, 7年前 , 3^F

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後面這兩句我看不懂用貼近實驗的結果來做假設好了在只放一對A gene primer的singleplex Taqman PCR reaction中同時存在FAM與VIC兩種螢光probe用來偵測A gene表現， CT的部分，A_FAM=20，A_VIC=22 而internal control，GAPDH_FAM=15，GAPDH_VIC則是我的問題假使如原廠的推測GAPDH_VIC=15，與GAPDH_FAM沒有差異那A的兩個螢光都只要跟GAPDH_FAM算相對值即可，不需要再多買GAPDH_VIC來混合結論就是A_FAM的表現量比較多但是萬一GAPDH_VIC=/=15，或有幾個CT的差異那我的A_FAM與A_VIC就必須依照各別的螢光去算相對值這時候前面的結論就不一定正確了

推

supray

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12/13 00:16, 7年前 , 9^F

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我的最終目的當然是要比較ddCT 上面只是先聚焦在只有一個樣本時， A_FAM, A_VIC與GAPDH_FAM的相對量該如何比較如果無法凸顯同一樣本內的A_FAM與A_VIC有所不同自然就無法從接續往後不同樣本的實驗設計如果我的理解沒錯目前看起來就算是同一樣本,primer,濃度,實驗條件....種種因素都相同的情況下上面兩位都認為改變不同的probe螢光,就會導致CT值改變的樣子 ※ 編輯: blence (180.218.151.4), 12/13/2017 01:36:20

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※ 編輯: blence (180.218.151.4), 12/13/2017 01:41:16

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Invec

12/14 13:27, 7年前 , 12^F