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[求救] Gene id 類型

看板Biotech (生命科學)作者時間7年前 (2018/04/25 16:24), 編輯推噓1(1推 0噓 3→)
留言4則, 2人參與, 7年前最新討論串1/1
各位大大好，小弟剛跨入生物資訊領域， 在看一個enhancer-gene interaction資料庫時， 不是很清楚其中的gene id欄位為何， http://enhanceratlas.org/download.php 其內容大致如下： chrX 153597160 153598700 91814 chrX 153607985 ENST00000492448 ... chr1 1499170 1500150 116 chr1 1243947 ENST00000379031 ... 有找到欄位說明： http://enhanceratlas.org/Data_format_EP.txt 對於第4欄的id，試著用NCBI id查詢但對應不到， 不知道是否enhancer有常用的id表示? 感謝！ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.4.206 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1524644693.A.AA6.html
推
04/25 21:55, 7年前 , 1F
Gene ID - A number taken as the gene id @@
04/25 21:55, 1F
→
04/25 21:56, 7年前 , 2F
我測試過 應該不是常用的資料庫而且說明寫得很曖昧
04/25 21:56, 2F
→
04/25 21:57, 7年前 , 3F
建議用後面ensembl Transcript id來對基因名稱
04/25 21:57, 3F
→
04/26 00:31, 7年前 , 4F
好喔！感謝
04/26 00:31, 4F
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