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[求救] 看不懂paper中的分析方法(MI)

看板Biotech (生命科學)作者 (耕枳居士)時間6年前 (2018/10/14 17:09), 6年前編輯推噓2(2推 0噓 30→)
留言32則, 5人參與, 6年前最新討論串1/1
各位板友好 下周在實驗室要報journal club 選了Nature的這篇 The interaction landscape between transcription factors and the nucleosome https://www.nature.com/articles/s41586-018-0549-5 但Fig.1b就卡住了... 我能夠理解這張圖所代表的"意義"，例如position上signal的強弱可以代表TF結合的位置 但是我不懂這張圖是怎麼"做出來的"，例如上面的SELEX library是代表一條DNA ligand， 還是某個TF抓下來的所有ligand，裡面所有3-mer 核甘酸的組合，才去做position的分析? (例如TF"1號"抓到很多條DNA ligand，而這些ligand裡面有出現過ATG ACG TGT TTC 這四種組合的核甘酸，那就分析如果ATG出現在1號位置時，4號位置有沒有也出現過， 有的話就代表有訊號，最後再把ATG、ACG、TGT、TTC這四張圖疊加起來， 變成paper上看到的那張圖?) 雖然其他地方照著我所理解的"意義"去解釋我都可以看得懂，但如果不知道原理 好像會被老師電慘慘QQ 希望有板友能幫忙 謝謝!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.52.172 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1539508182.A.ACC.html
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10/14 17:22, 6年前 , 1F
你怎麼會想選一篇你看不懂的 paper 報 seminar XDDD
10/14 17:22, 1F
我本來以為我看得懂T_T 看下去之後發現第一個技術看不懂 但我已經看下去了... 重點是這篇跟我研究有點關係，所以我也不想放棄他QAQ
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10/14 17:23, 6年前 , 2F
勇於挑戰人生 (？
10/14 17:23, 2F
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10/14 17:25, 6年前 , 3F
這篇 paper 難就難在第一個技術，看懂了就通了。這個研
10/14 17:25, 3F
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10/14 17:25, 6年前 , 4F
就我很有興趣，看我能不能在今晚把它看懂吧w
10/14 17:25, 4F
※ 編輯: kikko1805 (140.112.52.172), 10/14/2018 17:32:10
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10/15 05:42, 6年前 , 5F
哎呦我們系上發的耶XD 略讀了一下 兩個軸分別是NCAP-
10/15 05:42, 5F
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10/15 05:42, 6年前 , 6F
跟HT-selex 用TF做correlation?
10/15 05:42, 6F
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10/15 05:43, 6年前 , 7F
library就是一堆3-mer的nucleotide 序列已知
10/15 05:43, 7F
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10/15 05:49, 6年前 , 8F
sorry亂看 好好讀了再回
10/15 05:49, 8F
===
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10/15 06:23, 6年前 , 9F
1b左邊那個是把一條DNA拆成一堆3mer一字排開做成xy軸
10/15 06:23, 9F
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10/15 06:24, 6年前 , 10F
排出有相關的兩個3mer 再把所有DNA的heatmap疊起來
10/15 06:24, 10F
=== 這段還是有點不懂QQ 是指說我把所有某個TF定序到的ligand，拆成一堆3mer，然後計算這些3mer兩兩之間的相關性 (例如當ATG出現時，TCC有90%的機率會出現) 再把兩種3mer放在MI圖xy軸的library上，去計算這兩種3mer在位置上的相關性...嗎？
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10/15 06:26, 6年前 , 11F
所以左下到右上的對角就會是nucleosome必然的相關性線
10/15 06:26, 11F
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10/15 06:27, 6年前 , 12F
假設binding發生在1-6nt或是10-15nt, 就會在pos1-1
10/15 06:27, 12F
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10/15 06:27, 6年前 , 13F
pos2-2跟pos1-4 pos2-5這樣
10/15 06:27, 13F
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10/15 06:28, 6年前 , 14F
越往裡面就是兩個有相關的3mer隔越遠 所以推論是TF
10/15 06:28, 14F
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10/15 06:33, 6年前 , 15F
右邊是把左圖次數最多的match抓出來, 因為nucleosome
10/15 06:33, 15F
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10/15 06:34, 6年前 , 16F
專一性很低會亂抓, 所以只要抓次數最高的就是專一性高
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10/15 06:34, 6年前 , 17F
就能把nucelsome的訊號filter掉
10/15 06:34, 17F
※ 編輯: kikko1805 (140.112.52.172), 10/15/2018 09:31:13
推
10/15 12:20, 6年前 , 18F
X軸、Y軸的意思應該是把那段DNA分成3-mer一組，heatmap
10/15 12:20, 18F
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10/15 12:20, 6年前 , 19F
顯示的是不同組3-mer之間的相關性，用Enrichment-MI處
10/15 12:20, 19F
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10/15 12:20, 6年前 , 20F
理之後，filter掉nucleosome的訊號
10/15 12:20, 20F
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10/15 17:45, 6年前 , 21F
每一條序列都拆成3mer的小片段 同時鋪開成xy軸 所以xy
10/15 17:45, 21F
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10/15 17:45, 6年前 , 22F
軸基本上是一樣的
10/15 17:45, 22F
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10/15 17:46, 6年前 , 23F
每個序列都有自己以所有TF跟nucleosome做成的一張heat
10/15 17:46, 23F
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10/15 17:46, 6年前 , 24F
map
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10/15 17:46, 6年前 , 25F
把所有的heatmap疊起來 又是1b右邊
10/15 17:46, 25F
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10/15 17:51, 6年前 , 26F
heatmap的做法是 只要有任何TF或nucleosome同時抓到
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10/15 17:51, 6年前 , 27F
兩段3mer 這個interaction就會在map上加深顏色
10/15 17:51, 27F
推
10/17 02:46, 6年前 , 28F
你可以直接寄信問作者，通常都會願意回，除非不是他做
10/17 02:46, 28F
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10/17 02:46, 6年前 , 29F
的。不願意不是太忙就是極大可能他心裡有鬼，又或是他
10/17 02:46, 29F
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10/17 02:46, 6年前 , 30F
表達的不夠清楚，審理的人也看不懂就讓他過了。
10/17 02:46, 30F
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10/17 07:14, 6年前 , 31F
他寫的其實沒有不清楚 只是在supp裡面還用數學公式表
10/17 07:14, 31F
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10/17 07:14, 6年前 , 32F
示 而且他應該滿忙的XD
10/17 07:14, 32F
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