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[求救] 在線急！Mega 7 alignment 卡住

看板Biotech (生命科學)作者 (永和送重機)時間4年前 (2020/03/18 09:47), 4年前編輯推噓5(5推 0噓 8→)
留言13則, 3人參與, 4年前最新討論串1/1
小弟剛入這行，請教各位前輩， 昨天晚上10點將488段COVID19 whole genome匯入Mega 7做序列分析排比， 在alignment階 段卻跑了將近12小時後還卡在這裡， https://i.imgur.com/psGaMXC.jpg
進度條出現一點點的綠色線， https://i.imgur.com/RBjjNNS.jpg
請問我還能繼續讓他跑嗎？ 很怕他永遠跑不完我也沒辦法繼續做實驗， 還是應該換個分析方法？ 附上我的筆電規格 https://i.imgur.com/MN6VMav.jpg
-- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 101.13.233.85 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1584496025.A.640.html ※ 編輯: KeMBaWallKer (101.13.233.85 臺灣), 03/18/2020 09:47:56
推
03/18 13:58, 4年前 , 1F
記憶體不足。multiple alignment很吃記憶體
03/18 13:58, 1F
→
03/18 13:58, 4年前 , 2F
你可以看看你的記憶體是不是滿的
03/18 13:58, 2F
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03/18 13:59, 4年前 , 3F
而且就算拼出來。你也看不懂
03/18 13:59, 3F
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03/18 14:00, 4年前 , 4F
建議你去對特定基因比較好
03/18 14:00, 4F
了解，那請問要多少記憶體才夠？ 想說換一台電腦試試， 如果真的不行再切特定序列。 ※ 編輯: KeMBaWallKer (101.13.233.85 臺灣), 03/18/2020 14:08:36
推
03/18 14:56, 4年前 , 5F
MUSCLE... 不過跟你老闆講 現在一堆人在跑這個 等兩天去bi
03/18 14:56, 5F
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03/18 14:56, 4年前 , 6F
oxriv撈就有分析結果
03/18 14:56, 6F
推
03/18 15:13, 4年前 , 7F
粗估一張20K Genome pair alignment matrix表格占3Gb，
03/18 15:13, 7F
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03/18 15:13, 4年前 , 8F
你要算400*399/2張表格，不過MLA演算法可以分批跑不用加
03/18 15:13, 8F
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03/18 15:13, 4年前 , 9F
起來，考慮到你電腦也有背景使用記憶體，我覺得RAM16G
03/18 15:13, 9F
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03/18 15:13, 4年前 , 10F
應該可以，剩下就是跑8萬張表格的時間
03/18 15:13, 10F
推
03/18 19:27, 4年前 , 11F
更正MSA method
03/18 19:27, 11F
推
03/19 00:39, 4年前 , 12F
釣出一堆神人XD
03/19 00:39, 12F
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03/19 00:40, 4年前 , 13F
推去arxiv撈啦 人家都用cluster跑alignment跑樹的
03/19 00:40, 13F
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