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[ Biotech ]
討論串[討論] 蛋白質-受體部分結構分子動態模擬
共 6 篇文章
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不是我對DS有篇見啦，實在是如果你們家的機器效能已經很有限的情況底下，. 怎麼想也不該選這種肥、平行效能又不彰的工具來跑吧？. 我三年前曾用過i7+Nvidia GT系列的顯卡用Gromacs模擬過250幾個胺基酸長的蛋白質，. 那時一天就可以跑接近8ns了，現在機器的效能又好上更多，. 一個月要跑
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(原文恕吃光). 我的目標蛋白確實是跨膜蛋白<<腦中都只有自己的研究 忘記說明哪種蛋白. 目標時阻擋體內一能和該跨膜蛋白結合而導致腫瘤的免疫微環境生成. 來達到阻止癌症發展的療效. 做MD的目的主要是確認篩出的ligand能不能穩定咬住目標的關鍵殘基. 維持住CDOCKER結果所預測的該殘基&lig
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我也要開一篇繼續賺錢，開季JT打M17那場輸得我好慘. 你看的那些paper寫的是對的，現在一般都是說50ns以後才平衡. 而且現在電腦運算發展太快了. 我看這兩年的paper，強一點的lab都算到200ns以上了. 再過幾年真的會算到ms. 20ns絕對不夠，我是reviewer絕對噴死你. 結構
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謝謝大大的回覆 因為要回的東西有點多 所以就另外開一篇. 首先我要道歉 關於我要做的protein分子量上次給錯了. 因為PDB上面給總分子量100kDa. 但是那個檔案裏面包含兩個極度相似的目標protein(差在水分子和一些離子). 以主要結構414胺基酸來看應該是40~50kDa. 該prot
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我來賺一下p幣. 你如果只想做active site對ligand的模擬不是不行. 只是一定會被reviewer靠杯，反正有幾分證據說幾分話. 我建議你多做幾個系統. 1. 單獨protein. 2. 單獨active site. 3. protein + ligand. 4. active sit
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