Re: [討論] 蛋白質-受體部分結構分子動態模擬

看板Biotech (生命科學)作者tsungjen時間8年前 (2017/03/02 11:20)推噓0(0推 0噓 1→)

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※ 引述《Saber0217 (浜風はまかぜ)》之銘言： : 謝謝大大的回覆因為要回的東西有點多所以就另外開一篇 : 首先我要道歉關於我要做的protein分子量上次給錯了 : 因為PDB上面給總分子量100kDa : 但是那個檔案裏面包含兩個極度相似的目標protein(差在水分子和一些離子) : 以主要結構414胺基酸來看應該是40~50kDa : 該protein共有六個TM domain : active site坐落在靠膜外區的洞口底部 : 據我看過的paper 應該是有allosteric pathway effect : 過去文獻有一篇做5ns MD的結果就有顯示胞外包內區都有明顯結構變化 : 中間的active site附近區域則根據不同ligand有不同範圍和區域的肉眼可視變化 : 另外就是有人做我要block的目標和該protein結合的MD : 結果也是證明整個目標protein會有結構上的變化 : 老闆推薦說只做active site可以省時間 : 不過我自己心裡也挺懷疑的 : 因為我看題目相近的MD文獻都是做整個 : 這東西又有六個跨膜區 active site又剛好最接近這六條TM的最收束區 : 如果要只做活性區MD 看ligand和protein的interaction : 要說服人家接受這6TM相對位置不會因為其他部分位置改變而移動 : 感覺不太可能OTZ : 我目前的做法是 : Database>>LibDock>>CDOCKER>>ADMET&結構檢查(19候選取最佳3)>>MD檢查 : 我看有些paper是做完ADMET和結構檢查完的結果就通通MD(以我的例子是19個MD) : 不過我們實驗室可能是受限於設備和時間過往都是挑最佳兩個去MD : MD的相關設定可能會參考其他同主題paper : 預計 water box是10Å : 至於模擬時間老闆要求要20ns以上(上面那篇5ns被批的體無完膚XD) : 不過根據paper 多數候選ligand要60ns左右平衡(該篇做100ns) : 所以我也還在考慮到底要做多久的MD : 因為如果光算一個就要一兩個月<<我老闆說過去大概要這麼久?? : 就算我現在才碩一下大概也只能做兩個最多三個就差不多該寫論文了XD : 如果大大還有什麼建議或是想知道那些其他條件都歡迎留言我也要開一篇繼續賺錢，開季JT打M17那場輸得我好慘你看的那些paper寫的是對的，現在一般都是說50ns以後才平衡而且現在電腦運算發展太快了我看這兩年的paper，強一點的lab都算到200ns以上了再過幾年真的會算到ms 20ns絕對不夠，我是reviewer絕對噴死你結構改變一定會發生的，但是平衡態之前的結構變化沒有意義比如說我算200ns，前面的50ns我是不會拿來分析的如果是比較50ns~200ns的平均結構，也許不同的ligand binding看到的結構變化真的不大但是不算不知道，我也不建議你去賭這一把而且我真的覺得那些domain一定有影響所以我們來點有建設性的你有沒有考慮用implicit water model 會比較快，快很多很多很多，也許一個月可以算到100ns? 我不知道，你要試試看另外還有一種方法叫做course grain，專門對付超大系統但是我不建議用，因為你的系統實際上不算大，用了也是會被噴認真講，設備不好與其花時間跑MD不如花錢跟別的實驗室合作純化一下蛋白質，做個ITC之類的找gibbs free energy還可以發到比較好的期刊上大概就這樣吧以上是研究以下是人生如果你沒有堅持要發paper的話，根本就無所謂可以畢業就好老師要怎樣就怎樣，隨便他，發不發得出去那是他的事情畢業之後海闊天空做研究之餘不忘思考人生 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 69.251.143.12 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1488424821.A.E01.html