Re: [討論] 蛋白質-受體部分結構分子動態模擬

看板Biotech (生命科學)作者tsungjen時間8年前 (2017/03/02 02:47)推噓1(1推 0噓 0→)

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※ 引述《Saber0217 (浜風はまかぜ)》之銘言： : 版上各位前輩好 : 目前小弟主要做的題目是使用DS軟體做小分子藥物開發 : 前面的建模和篩資料庫皆已完成 : 再來就是使用分子動態(MD)模擬來確認protein和篩出的ligand能穩定結合 : 不過最近去找教授的談後續實驗方法的時候 : 教授突然提到說可以去研究有沒有方法 : 能只對該蛋白質上的已知活性區和ligand做MD : 說是這樣應該比較省時省效率 : 我比較好奇的是有這樣的前例嗎? : 想請問版上有沒有做類似模擬的前輩有看過相關的例子或是文獻 : 以我目前看過關於MD的二三十篇文章 : 基本上都是用整個protein-ligand下去模擬 : 沒看過只針對活性區的MD模擬 : 而且就邏輯上來講僅對活性區做模擬 : 似乎有過於便宜行事的可能? : 因為我所尋找的藥物基本上只要能和單一key residue穩定生成氫鍵作用即可 : 但是protein六個支鏈的相對位置變動也可能會對ligand產生不同作用力影響才對? : 因為教授基本上不會軟體操作 : 都要自己去查文獻和網路資料自學QQ : 謝謝我來賺一下p幣你如果只想做active site對ligand的模擬不是不行只是一定會被reviewer靠杯，反正有幾分證據說幾分話我建議你多做幾個系統 1. 單獨protein 2. 單獨active site 3. protein + ligand 4. active site + ligand 然後比較protein結構上的變化只要你的結果可以宣稱，active site的結構不會被protein其他的結構影響 active site的結構和整體的結構correlation很低 protein的結構相當rigid，也沒有甚麼allosteric pathway effect 可能就可以只用active site + ligand 去做模擬你ligand一定不是只有一個，看你要取比較有代表性的，或是取最難穩定的那種這四個系統可能做一遍就夠了可是你的系統有100kDa，100kDa很大耶，超大的那種這麼大的系統跟我說沒有allosteric pathway我不太相信我直覺覺得沒辦法只用active site+ligand下去算然後可以順便告訴我你用多大的water box去裝，還有跑多少ns嗎? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 129.2.180.75 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1488394067.A.20F.html