Re: [討論] 蛋白質-受體部分結構分子動態模擬

看板Biotech (生命科學)作者Saber0217 (浜風はまかぜ)時間8年前 (2017/03/02 10:23)推噓1(1推 0噓 0→)

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謝謝大大的回覆因為要回的東西有點多所以就另外開一篇首先我要道歉關於我要做的protein分子量上次給錯了因為PDB上面給總分子量100kDa 但是那個檔案裏面包含兩個極度相似的目標protein(差在水分子和一些離子) 以主要結構414胺基酸來看應該是40~50kDa 該protein共有六個TM domain active site坐落在靠膜外區的洞口底部據我看過的paper 應該是有allosteric pathway effect 過去文獻有一篇做5ns MD的結果就有顯示胞外包內區都有明顯結構變化中間的active site附近區域則根據不同ligand有不同範圍和區域的肉眼可視變化另外就是有人做我要block的目標和該protein結合的MD 結果也是證明整個目標protein會有結構上的變化老闆推薦說只做active site可以省時間不過我自己心裡也挺懷疑的因為我看題目相近的MD文獻都是做整個這東西又有六個跨膜區 active site又剛好最接近這六條TM的最收束區如果要只做活性區MD 看ligand和protein的interaction 要說服人家接受這6TM相對位置不會因為其他部分位置改變而移動感覺不太可能OTZ 我目前的做法是 Database>>LibDock>>CDOCKER>>ADMET&結構檢查(19候選取最佳3)>>MD檢查我看有些paper是做完ADMET和結構檢查完的結果就通通MD(以我的例子是19個MD) 不過我們實驗室可能是受限於設備和時間過往都是挑最佳兩個去MD MD的相關設定可能會參考其他同主題paper 預計 water box是10Å 至於模擬時間老闆要求要20ns以上(上面那篇5ns被批的體無完膚XD) 不過根據paper 多數候選ligand要60ns左右平衡(該篇做100ns) 所以我也還在考慮到底要做多久的MD 因為如果光算一個就要一兩個月<<我老闆說過去大概要這麼久?? 就算我現在才碩一下大概也只能做兩個最多三個就差不多該寫論文了XD 如果大大還有什麼建議或是想知道那些其他條件都歡迎留言 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 111.71.48.0 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1488421433.A.F0E.html