Re: [討論] 蛋白質-受體部分結構分子動態模擬
(原文恕吃光)
我的目標蛋白確實是跨膜蛋白<<腦中都只有自己的研究 忘記說明哪種蛋白
目標時阻擋體內一能和該跨膜蛋白結合而導致腫瘤的免疫微環境生成
來達到阻止癌症發展的療效
做MD的目的主要是確認篩出的ligand能不能穩定咬住目標的關鍵殘基
維持住CDOCKER結果所預測的該殘基&ligand間的氫鍵
大大提到的implict water model在DS裡似乎稱為Implicit Solvent Model?
理論說明如下(from DS HELP):
Some of the implicit solvent models based on Generalized Born approximation,
such as GBIM and GBSW implemented in CHARMm, support the modeling of membrane
proteins.
DS內嵌六種模組可以選擇 也有簡單的差異描述
如果大大指的是這個 那我應該就是再仔細研究後挑適合的來用
Methods for estimating the electrostatic solvation energy G(elec)
1.Distance dependent dielectrics
2.Generalized Born with pairwise summation (GenBorn)
3.Generalized Born with Implicit Membrane (GBIM)
4.Generalized Born with Molecular Volume integration (GBMV)
5.Generalized Born with a simple switching (GBSW)
6.Poisson-Boltzmann equation with non-polar surface area (PBSA)
目標就先暫訂做100ns 看花費時間再決定要展延到200ns或是減少要跑DS的候選
雖然老闆只開20ns 不過我自己是希望花兩年和國家計畫稅金弄的東西
多少能對人類有點貢獻<<自我膨脹中
至於提到發paper
我老闆已經升到教授了並沒有要求碩班要發paper
(除非我簽博 這項研究劃入博班研究大概就要發 算畢業條件之一)
至於前輩建議的和別的實驗室合作 這恐怕就不是我能置喙的了(苦笑
如果要花錢找合作 我老闆說不定可能寧願給個十萬叫我去光華組一台好電腦回來算XD
對了 方便詢問一下前輩大略的學術背景嗎?
因為我這樣比較好在meeting上遊說老闆
老闆作風比較老派 學生如果只說消息來源是wiki/google/PTT都會被釘在牆上QQ
萬分感謝
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 111.71.48.0
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1488432781.A.85A.html
推
03/02 13:51, , 1F
03/02 13:51, 1F
→
03/02 13:53, , 2F
03/02 13:53, 2F
→
03/02 13:54, , 3F
03/02 13:54, 3F
→
03/02 13:55, , 4F
03/02 13:55, 4F
→
03/02 13:56, , 5F
03/02 13:56, 5F
→
03/02 13:57, , 6F
03/02 13:57, 6F
啊 如果造成你困擾真是萬分不好意思
不過你開的這單 大概要15~20萬起跳吧XDDD
總之萬分感謝前輩的建議
※ 編輯: Saber0217 (111.71.48.0), 03/02/2017 14:46:34
推
03/03 04:55, , 7F
03/03 04:55, 7F
討論串 (同標題文章)
以下文章回應了本文：
完整討論串 (本文為第 5 之 6 篇)：
Biotech 近期熱門文章
PTT職涯區 即時熱門文章
