[討論] 蛋白質-受體部分結構分子動態模擬

看板Biotech (生命科學)作者Saber0217 (浜風はまかぜ)時間8年前 (2017/02/24 18:22)推噓2(2推 0噓 1→)

留言3則, 1人參與討論串1/6 (看更多)

版上各位前輩好目前小弟主要做的題目是使用DS軟體做小分子藥物開發前面的建模和篩資料庫皆已完成再來就是使用分子動態(MD)模擬來確認protein和篩出的ligand能穩定結合不過最近去找教授的談後續實驗方法的時候教授突然提到說可以去研究有沒有方法能只對該蛋白質上的已知活性區和ligand做MD 說是這樣應該比較省時省效率我比較好奇的是有這樣的前例嗎? 想請問版上有沒有做類似模擬的前輩有看過相關的例子或是文獻以我目前看過關於MD的二三十篇文章基本上都是用整個protein-ligand下去模擬沒看過只針對活性區的MD模擬而且就邏輯上來講僅對活性區做模擬似乎有過於便宜行事的可能? 因為我所尋找的藥物基本上只要能和單一key residue穩定生成氫鍵作用即可但是protein六個支鏈的相對位置變動也可能會對ligand產生不同作用力影響才對? 因為教授基本上不會軟體操作都要自己去查文獻和網路資料自學QQ 謝謝 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 114.136.30.227 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1487931752.A.925.html

推

Godkin

02/25 22:13, , 1^F

02/25 22:13, 1^F

Protein的話Total Structure Weight約4~5萬電腦部分大概用I7-6700 RAM 32GB下去跑過去實驗室學長是用一台約五六年前的Server(AMD CPU)下去跑之前觀察結果是速度慢的感人遠遠不及目前使用中的桌機但是採購新Server主要還是有經費相關的瑣碎問題所以打算硬著頭皮用桌機跑 ※ 編輯: Saber0217 (111.71.48.0), 02/28/2017 13:03:14

推

Godkin

02/28 16:59, , 2^F

02/28 16:59, 2^F

→

Godkin

02/28 16:59, , 3^F

02/28 16:59, 3^F

可惜我的是套裝桌機只有內顯(攤手我們實驗室都是用discovery studio跑模擬不過依然感謝推薦其他方式 ※ 編輯: Saber0217 (111.71.48.0), 03/01/2017 02:19:14 ※ 編輯: Saber0217 (111.71.48.0), 03/02/2017 09:44:26