[轉錄][政見] BioMedInfo 板

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者HIbaby (燃燒吧! 嗨~北鼻!)時間17年前 (2008/05/31 11:13)推噓0(0推 0噓 0→)

留言0則, 0人參與討論串2/2 (看更多)

※ [本文轉錄自 Acad_discuss 看板] 作者: huggie (huggie) 站內: Acad_discuss 標題: [政見] BioMedInfo 板時間: Tue May 27 15:40:27 2008 政見生物醫學資訊是一個相對新興、跨領域的學門。國內投入此領域已有數年，但也許是這個領域人數不多的緣故，缺乏專屬溝通的平台。過去其實也曾經有生物資訊專門論壇設立，但知道的人不多，參與的人更少。其實除了生醫資訊人以外，今日的生物人在研究中，也往往不脫廣義的生物資訊的範疇。何謂生物醫學資訊？生物醫學資訊是藉由資工、統計、數學、生化等來研究生物以及醫學的議題。在生物學方面，在三千多個物種的基因體定序完成的今日，以及各種高通量實驗資料的出現，對於進一步了解生物學提供了機會，但也造成了分析上的困難。在醫學方面，隨著各種基礎設施的建構，加速了對於各種臨床數據的蒐集，也希望能對這些資料進行分析，歸納出對於診斷以及治療有用的資訊。本質上似乎這是兩個議題，但共同的是，希望藉由跨領域的人才一起研究一堆看似雜亂無章的數據，提出進一步的假設。生物資訊具體的分析在參考 Wikipedia 以及 Bioinformatics.org 之後，或許可以粗分成以下幾類（概略的分法，各領域之間有不少重疊部份）：序列分析/比較基因體學 (Comparative Genomics) 基因註解 (Genome Annotation/Gene Finding) 資訊演化生物學 (Compuational Evolutionary Biology) 基因表現分析 (Analysis of Gene Expression) 蛋白質表現分析 (Analysis of Protein Expression) 功能性基因體研究 (Functional Genomics) 蛋白質體學 (Proteomics) 結構基因體學 (Structural Genomics) 系統生物學 (Systems Biology) 醫學資訊則牽扯到基礎建設的建立，例如蒐集並且處理資料，以及對這些資料做進一步的推論。由於本人（huggie）對這方面不是非常的了解，因此先且略過。有待於對醫學資訊琢磨較深的板友來補充。以上是較詳細的定義，但廣義的來說，任何藉由電腦來處理生物或醫學資料的方法即是生醫資訊。舉凡資料的存取、分析、以及預測，皆為生醫資訊的一種應用。因此，我想不只生醫資訊人能受益於此板的討論，也希望生物人能多多利用這個平台，只要不是單純 wet bench 實驗上面的問題，牽扯到工具方面的使用，就是本板的好問題。因此，本板的討論範圍很廣泛，暫分為以下幾項： 1. 工具網路資源例如 NCBI、PDB 以及各式資料庫，或者分析工具例如 BLAST、 Sequest等，凡是在研究中所遇到的，工具上的使用皆為此類。 2. 程式生物資訊傳統上比較常用的程式為 Perl 與 Java ，但其他工具如 C， Python 等使用的人也不少。凡程式方面，比較需要生物背景知識相關的，例如相關套件使用（BioPerl，BioJava，BioPython 等），或者是比較基礎的程式問題皆規於此類。 3. 用語由於是跨領域的學科，許多人背景另有專攻，剛接觸這個領域時不免對於一些簡單的基本英文用字有不少障礙，看期刊頗有困難，普查字典也不得其解（本人曾深感其苦，現在也尚未完全解脫）。希望生物背景較扎實的板友能為初踏入此領域的人解惑。相對地，生物背景在接受資訊方面的訓練的時候或許也有類似困擾，也希望大家能傾囊相助。 4. 其他研究問題各子領域都有其研究上面的問題，凡與生醫資訊此大傘相關，dry lab 實驗的問題，都適用於此板。 5. 消息鑑於生醫資訊方面討論的很少。本板除了作為一個問答的論壇以外，也希望板友能提供最新的消息以及知識。不論消息來源是新聞，還是最近發表的期刊，或者來自於研討會的演講，都可以提供消息，亦或可加入一些個人看法以及心得，提昇討論的風氣，刺激板友新的想法與新做法。希望本板能在論壇之外，作為一個蒐集新聞的平台。 6. 會議若有相關的研討會，課程以及講習營等消息，只要是開放外界參加的，也希望大家提供給有興趣的人知道。因為個人背景的關係，以上討論也不免偏好生資方面，希望有醫資方面的人才來一起參與。另外，本板原本是要由 realism 發起，無奈文章數不夠，目前仍在衝文章數中，因此由本人代為發起。不過，我是真的才疏學淺（非自謙），望能拋磚引玉，也希望大家能對於本板板務提供一些意見，謝謝！ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.129.160.62 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 133.11.198.91