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看板BioMedInfo (生醫資訊)作者時間16年前 (2008/06/09 19:25), 編輯推噓0(000)
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也可以試試看text-mining導向的PPI database 如:iHOP http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/ 他會直接去抓paper裡頭的名詞跟動詞 或許可以縮小你搜索的範圍 ※ 引述《hajimels (阿一)》之銘言: : ※ 引述《huggie (huggie)》之銘言: : : 作者: sweetE (sweetE) 看板: Biotech : : 標題: [求救]如何有效尋找兩個已知蛋白interaction的文獻 : : 時間: Sun Jun 8 14:16:39 2008 : : 由於要預測 A蛋白是否會與"p38" interaction : : 得先蒐集所有已知 p38 interaction protein分別與p38作用的位置 : : 再去分析A蛋白與p38作用的可能性 : : 所以必須找到這些已經發表過的論文 : : 不過與p38 interaction的蛋白蠻多的 : : 而在找尋這些論文 有些困難 : : 關鍵字如果打 p38 ; interaction 也找不太到 : : (可能內文用詞不是用interaction;也可能是在講別的protein interaction) : : 如果先利用database 查詢哪些蛋白會與p38 interaction 例如有ATF-2 : : 找PAPER的時候 關鍵字我就打 p38 ; ATF-2 : : 則會出現一些證明他們是同一個pathway的 找不到直接證明有interaction的paper : : 由於ATF-2是p38的substrate : : 於是我在關鍵字打了 p38 ; ATF-2 ; substrate : : 可能會找到證明他們會binding的paper : : 結果也沒有~ : : 有沒有達人 可以教我如何有效率的找到這些paper!!!!!!! : : Help!!!!!!!!!!!!!!!!!!! : 我剛有看到推文中有提到HPRD,它的確是一個解決方案 : 不過我在這邊另外可以再提供一個網站 : APID2NET (http://bioinfow.dep.usal.es/apid/apid2net.html) : 它收集的databases及species可以在左側 "Statistics" 這邊看到 : 簡單一點的搜詢方法(建議) : 先至Swisspro找到你有興趣gene轉譯出來的Protein ID : (e.g. 原po想找的p38 = MK14_HUMAN ) : 再來點左側 "Search"後,輸入Protein ID : Results將以table方式呈現,第二個Column為Interaction的數目,點數字可看details : 其中 就有 MK14_HUMAN - ATF2_HUMAN的關係了 : EXPERIMENTS那個column裡的數字便是references,點進去就是你要的paper了 : Pathway: http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway?hsa04010+1432 (KEGG) : p.s. 若是在本板有在玩Cytoscape的板友可以安裝他的plugin : 可以輕鬆的search並把有興趣的PPI呈現出來 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.129.77.13
文章代碼(AID): #18JHD7zX (BioMedInfo)
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