Re: [轉錄][求救]如何有效尋找兩個已知蛋白interac …

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者hajimels (阿一)時間16年前 (2008/06/08 20:48)推噓3(3推 0噓 2→)

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※ 引述《huggie (huggie)》之銘言： : ※ [本文轉錄自 Biotech 看板] : 作者: sweetE (sweetE) 看板: Biotech : 標題: [求救]如何有效尋找兩個已知蛋白interaction的文獻 : 時間: Sun Jun 8 14:16:39 2008 : 由於要預測 A蛋白是否會與"p38" interaction : 得先蒐集所有已知 p38 interaction protein分別與p38作用的位置 : 再去分析A蛋白與p38作用的可能性 : 所以必須找到這些已經發表過的論文 : 不過與p38 interaction的蛋白蠻多的 : 而在找尋這些論文有些困難 : 關鍵字如果打 p38 ; interaction 也找不太到 : (可能內文用詞不是用interaction;也可能是在講別的protein interaction) : 如果先利用database 查詢哪些蛋白會與p38 interaction 例如有ATF-2 : 找PAPER的時候關鍵字我就打 p38 ; ATF-2 : 則會出現一些證明他們是同一個pathway的找不到直接證明有interaction的paper : 由於ATF-2是p38的substrate : 於是我在關鍵字打了 p38 ; ATF-2 ; substrate : 可能會找到證明他們會binding的paper : 結果也沒有~ : 有沒有達人可以教我如何有效率的找到這些paper!!!!!!! : Help!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 我剛有看到推文中有提到HPRD，它的確是一個解決方案不過我在這邊另外可以再提供一個網站 APID2NET (http://bioinfow.dep.usal.es/apid/apid2net.html) 它收集的databases及species可以在左側 "Statistics" 這邊看到簡單一點的搜詢方法(建議) 先至Swisspro找到你有興趣gene轉譯出來的Protein ID (e.g. 原po想找的p38 = MK14_HUMAN ) 再來點左側 "Search"後，輸入Protein ID Results將以table方式呈現，第二個Column為Interaction的數目，點數字可看details 其中就有 MK14_HUMAN - ATF2_HUMAN的關係了 EXPERIMENTS那個column裡的數字便是references，點進去就是你要的paper了 Pathway: http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway?hsa04010+1432 (KEGG) p.s. 若是在本板有在玩Cytoscape的板友可以安裝他的plugin 可以輕鬆的search並把有興趣的PPI呈現出來 -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【今晚的天空有一顆流星劃過在預言著什麼】|> -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 163.25.118.137 ※ 編輯: hajimels 來自: 163.25.118.137 (06/08 20:51)