Re: [轉錄][求救]如何有效尋找兩個已知蛋白interac …

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者masamonster (..)時間16年前 (2008/06/09 22:22)推噓4(4推 0噓 4→)

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Literature mining部分，除了iHOP，近幾年也有相當多相關的研究列出一些最近看到的，提供給hajimels參考～如果還有其他的，我再慢慢補上 :) 2008 BIOSMILE (除了詞性，運用了一些語意技術在內) http://bioservices.cse.yzu.edu.tw/BWS/ 2008 PIE http://bi.snu.ac.kr/pie/ 2006 biocontrasts http://biocontrasts.biopathway.org./ 2006 RLIMSP (尋找有關protein Phosphorylation 的文章) http://pir.georgetown.edu/pirwww/iprolink/rlimsp.shtml 除了以上比較明確的tools 其實也有相關的比賽，有興趣可以去參考一下參賽者他們的原理，然後看看他們是否有release相關的工具 http://biocreative.sourceforge.net/biocreative_2_ppi.html 相關文章 Mining literature for systems biology http://bib.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/7/4/399 Literature mining for the biologist: from information retrieval to biological discovery. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16418747?dopt=Abstract ※ 引述《realism ()》之銘言： : 也可以試試看text-mining導向的PPI database 如:iHOP : http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/ 他會直接去抓paper裡頭的名詞跟動詞 : 或許可以縮小你搜索的範圍 : ※ 引述《hajimels (阿一)》之銘言： : : 我剛有看到推文中有提到HPRD，它的確是一個解決方案 : : 不過我在這邊另外可以再提供一個網站 : : APID2NET (http://bioinfow.dep.usal.es/apid/apid2net.html) : : 它收集的databases及species可以在左側 "Statistics" 這邊看到 : : 簡單一點的搜詢方法(建議) : : 先至Swisspro找到你有興趣gene轉譯出來的Protein ID : : (e.g. 原po想找的p38 = MK14_HUMAN ) : : 再來點左側 "Search"後，輸入Protein ID : : Results將以table方式呈現，第二個Column為Interaction的數目，點數字可看details : : 其中就有 MK14_HUMAN - ATF2_HUMAN的關係了 : : EXPERIMENTS那個column裡的數字便是references，點進去就是你要的paper了 : : Pathway: http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway?hsa04010+1432 (KEGG) : : p.s. 若是在本板有在玩Cytoscape的板友可以安裝他的plugin : : 可以輕鬆的search並把有興趣的PPI呈現出來 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 220.137.47.115