Re: [問題] 請問版上高手蛋白質預測的問題

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者windincloud (雲淡風輕)時間16年前 (2008/06/16 19:12)推噓6(6推 0噓 16→)

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※ 引述《liturtle (超屌師大附友會)》之銘言： : 原文恕刪~~~ : 我想我的疑問沒有被解答 : 就直接回文來討論一下吧 : 我這邊認為的蛋白質預測 : 是指丟入蛋白質的胺基酸序列給軟體 : "預測"出他的"三級"結構 : 那麼如果是一開始就有PDB檔就代表他的結構已經被解出 : 打開裡面就可以看到坐標 : 丟到類似PYMOL 或是 CHIME 之類的軟體即可以"秀出"結構立體圖 : 但這些都不是"預測"吧因為結構都已經解出來座標都被標定了怎樣能算是預測? : 另外DSSP我知道 : 我們做的結構比對軟體基本上就是利用他來做training : 不過這個程式也是需要PDB檔這樣也不算是預測吧 : 最後 : 我當然了解二級結構需要被預測 : 但我指的是現在要算出二級的軟體很多 : 但是要"預測"出"三級結構"的其實幾乎沒有 : PS.以上問題都要在我們認為的"預測"定義相同才可以成立嗯~ 我可能講的不夠清楚其實這邊預測的的確確是可以做到給定一未知protein 然後預測出其二級結構我所提的方法只是所謂建立一個model 而model的建立當然是由一個已知的資訊才能建立所謂用machine learing的方式是說我提供屬性及答案給機器讓他像人一樣去學習當學習後機器會根據他所學到的知識建立一個model 然後就可以將你想要得知protein "二級結構"的樣子預測出來這邊要特別要說的是因為屬性給的不一樣(可能會有物化屬性等等) 所以剛剛有回文提到homology modeling 我想可能會有些許的差異才對不過基本上還是建立model然後根據model再來預測再來L大所提到三級結構預測這目前真的很難用電腦計算去得知所以要是L大將預測定義是預測出給定一條未知protein序列得到其三級結構那就比較沒法但是要是要是forcus在二級結構則是可以的 -- 通常我們稱"預測"時都會說明是預測是啥問題所以看到預測蛋白質結構時我會直覺是預測蛋白質二結構(上課被荼毒太久的直覺反應) 這邊要跟L大說聲不好意思 -- 最近有看到所謂預測 β-barrel protein 的問題因為β-barrel protein樣子比較固定 http://www.biologie.uni-konstanz.de/folding/Structure%20gallery%201.html 所以有人也會提高β-strain的預測甚至預測出其是anti-parallel或是parallel 這樣可以畫出預測的β-barrel protein三級結構不知這樣可以算預測出三級結構嗎? XD -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.138.155.216

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liturtle

06/16 19:57, , 1^F

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nightcatman

06/16 20:13, , 2^F

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nightcatman

06/16 20:13, , 3^F

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