Re: [問題] 請問版上高手蛋白質預測的問題

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者liturtle (超屌師大附友會)時間16年前 (2008/06/14 19:20)推噓2(2推 0噓 0→)

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※ 引述《acme970 (acme)》之銘言： : Sequence Alignment : ‧ Sequence based similarity alignment : ‧ : Structure based similarly alignment : 這兩種不同的方法所用的原理差異在哪 : structure 基本上還是由sequence決定的???? : 感謝版上高手解答~~~ 如果您指的是蛋白質結構的話 '預測'這件事情是不大可能現在能做到的就是'搜尋比對'出相似結構基本上相似的sequence比較容易有相似的structure(但也不是絕對) 不過相似的structure卻很常沒有相似的sequence " During evolution, three-dimensional (3D) structures are more conserved than amino acid sequences [1], and protein homologs that share highly conserved 3D structures may have unrecognizable sequence homology [2]." 而 Sequence based similarity alignment 就是比較單純地用胺基酸序列去做比對特徵是快速(因為是一維比對 data量不大) 而不夠準確(因為序列不像但是結構像的用這方法通常找不到) "Amino acid sequence search tools are fast; however, they have proven to be insufficient for detection of remote homology in structural databases [3]." Structure based similarly alignment 則是用比較龐大的三維資料量例如每個分子的座標軸之間的向量所以優點是可以偵測到序列不像但結構像的(也就是比較準) 缺點就是很慢很慢(因為要比對的資料量很大) "References 1. Chothia C, Lesk AM: The relation between the divergence of sequence and structure in proteins. Embo J 1986, 5(4):823-826. 2. Murzin AG: How far divergent evolution goes in proteins. Curr Opin Struct Biol 1998, 8(3):380-387. 3. Sauder JM, Arthur JW, Dunbrack RL, Jr.: Large-scale comparison of protein sequence alignment algorithms with structure alignments. Proteins 2000, 40(1):6-22." 以上""符號內文章皆節錄於 Lo WC, Huang PJ, Chang CH, Lyu PC: Protein structural similarity search by Ramachandran codes. BMC Bioinformatics 2007, 8:307. (學長發的我們LAB正努力做出快又有效的蛋白質結構比對軟體) -- 曾經有一碗熱騰騰又好吃的叉燒飯擺在我面前我卻沒有去吃她直到吃不到了才感到後悔莫及如果能有一個機會讓我在遇到她我一定會.吃.光.光. http://www.wretch.cc/blog/kyo0059 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 123.195.16.254 ※ 編輯: liturtle 來自: 123.195.16.254 (06/14 19:22) ※ 編輯: liturtle 來自: 123.195.16.254 (06/14 19:31)

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