Re: [討論] 小程式
※ 引述《HIbaby (燃燒吧! 嗨~北鼻!)》之銘言：
: 最近手邊多了很多大量microarry data. 不外乎就是很多基因的ID碼
: 或是一些基因的縮寫.
: 不知道有沒有一些小軟體, 可以把excel上面這些ID直接連結到資料庫
: 或是轉換成全名?
: 如果有這樣的東西, 那就非常方便了
同是生物背景的 想很害羞得自己推一下我們家的產品 因為我也懶得寫程式XD
Arrayfusion( http://microarray.ym.edu.tw/tools/arrayfusion/ )
這是用JSP寫成的web application
目前的功能包括將affy的probeset改寫成EGR/GFF的格式
或是把Gene Symbols轉換成Affy U133 plus2的probesets
或是將Gene Symbols mapping到genome位置上
所以如果Hibaby老大的資料是用Gene Symbol/ Ensembl ID/ GenBank RefSeq
為主 不妨可以試用看看
使用方法很簡單
先選擇平台
(agilent跟affy的expression/Exon/Tilling/SNP array皆可，若是要用上列的ID
則要選public domain ID)
然後選擇ID的種類
(array: U133 plus2, U95 etc; GeneID: gene symbol,genbank,Refseq, etc)
指定所要的output種類
(純文字 and/or EGR and/or GFF)
最後上傳檔案或是直接貼上文字
(將每一個ID存成一行)
然後按下submit就好囉
不需要擔心資料外洩 因為使用者上傳的資料都是存在session之中
我們自己的database只負責用作mapping
大致上是這樣，想看paper的話可以參考
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16935928
如果有前輩後進願意抽空一試的話，也歡迎給予批評指教囉 謝謝
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.77.155
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06/19 20:17, , 1F
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06/20 08:57, , 2F
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