[問題]生物晶片資料分析
看板BioMedInfo (生醫資訊)作者wscrush (請詳細填寫個人資料)時間16年前 (2008/08/15 13:59)推噓0(0推 0噓 0→)留言0則, 0人參與討論串1/4 (看更多)
想請問各位板友們有接觸過生物晶片資料嗎? 我第一次接到這樣的題目
因為沒有足夠的背景知識，加上市面上也找不到"第一次分析生物晶片就上手"
"企鵝也會的生物晶片分析"這類的參考書，讓我深感苦手~"~a，還請各位解惑
Q1:我發現很多資料格式中都有Gene Description、Gene Accession Number這兩欄
請問這兩欄的意義為何?字面上看來我能理解意思是基因的描述與編號，但又看
回資料本身(如下所示)，實在難體會其中奧義@.@，加上縮寫繁多，不知有類似
縮寫的查詢方式嗎?
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Gene Description Gene Accession Number
AFFX-BioB-5_at (endogenous control) AFFX-BioB-5_at
AFFX-BioB-M_at (endogenous control) AFFX-BioB-M_at
AFFX-BioB-3_at (endogenous control) AFFX-BioB-3_at
AFFX-BioC-5_at (endogenous control) AFFX-BioC-5_at
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Q2:生物晶片的paper會提到，其正規化方式是用log transfrome或是將mean值調整到0
等等...，我想請問網站上所載到的raw data，是已正規化後的嗎，亦或是我們要
自己處理?
Q3:如果我想找某個疾病的marker genes或顯著gene，我該到哪裡找尋?關鍵字如何下
比較好?同樣的基因是否有不同的名稱、縮寫?
一下子打擾這麼多問題實在很不好意思~也感謝各位版友耐心看完與解答 <(_ _)>
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