Re: [問題]生物晶片資料分析

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者wscrush (請詳細填寫個人資料)時間16年前 (2008/08/15 17:52)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ 引述《hgsfhevil (evil)》之銘言： : ※ 引述《wscrush (請詳細填寫個人資料)》之銘言： : : 想請問各位板友們有接觸過生物晶片資料嗎? 我第一次接到這樣的題目 : : 因為沒有足夠的背景知識，加上市面上也找不到"第一次分析生物晶片就上手" : : "企鵝也會的生物晶片分析"這類的參考書，讓我深感苦手~"~a，還請各位解惑 : : Q1:我發現很多資料格式中都有Gene Description、Gene Accession Number這兩欄 : : 請問這兩欄的意義為何?字面上看來我能理解意思是基因的描述與編號，但又看 : : 回資料本身(如下所示)，實在難體會其中奧義@.@，加上縮寫繁多，不知有類似 : : 縮寫的查詢方式嗎? : : ---------------------------------------------------------------------- : : Gene Description Gene Accession Number : : AFFX-BioB-5_at (endogenous control) AFFX-BioB-5_at : : AFFX-BioB-M_at (endogenous control) AFFX-BioB-M_at : : AFFX-BioB-3_at (endogenous control) AFFX-BioB-3_at : : AFFX-BioC-5_at (endogenous control) AFFX-BioC-5_at : : ----------------------------------------------------------------------- : : Q2:生物晶片的paper會提到，其正規化方式是用log transfrome或是將mean值調整到0 : : 等等...，我想請問網站上所載到的raw data，是已正規化後的嗎，亦或是我們要 : : 自己處理? : : Q3:如果我想找某個疾病的marker genes或顯著gene，我該到哪裡找尋?關鍵字如何下 : : 比較好?同樣的基因是否有不同的名稱、縮寫? : : 一下子打擾這麼多問題實在很不好意思~也感謝各位版友耐心看完與解答 <(_ _)> : Q1 : Accession Number 目前我的理解是方便用來尋找的index,這是每個資料庫自己內定的(你那應該不是ncbi出來的) : Gene Description 應該只是描述這條序列是什麼, : Q2 : raw data 要看你的目的需求是什麼,不一定對方正規化後,你就不用在正規化一次 : Q3 : ncbi多多利用吧,google school也可 : 同樣的基因只有一個id,但是因為有不同轉錄產物,所以可能有不同mRNA名稱 : 而且,每個實驗室可能會找到類似的東西,所以當序列送入資料庫時 : 通常會作序列比對,如果沒人發現,才會放入新的群組很感謝您的解惑^^! 還想請教一下 1.請問Q2的回答意思是，在網路上載下的raw data便是"已經"正規化過後的囉? 2.請問如果我所下的關鍵字為 [Leukemia marker genes]或是[Leukemia significant genes] 是否可以? 是在PubMed資料庫查嗎? 如果是我就必須從所有的論文資料中去找出有與疾病關係的基因是嗎? 3.我利用google查詢和血癌有關的基因時，在一網站中得到以下資訊 ----------------------------------------------------------- Type of Leukemia Gene Name Acute Lymphoblastic MLLT2, MYC, ZNFN1A1,LAF4 . . . . . . ----------------------------------------------------------- 其中MLLT2、MYC...這些是所謂的基因名稱，但我回頭在下載的晶片資料(格式如前述) 中的Gene Description欄位找這些基因，卻遍尋不著 T.Ta，請問我這樣尋找的方式正確嗎? 再次感謝版友們的熱心指教 ^^!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 203.64.84.82