Re: [問題]生物晶片資料分析

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者hgsfhevil (evil)時間16年前 (2008/08/15 14:38)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ 引述《wscrush (請詳細填寫個人資料)》之銘言： : 想請問各位板友們有接觸過生物晶片資料嗎? 我第一次接到這樣的題目 : 因為沒有足夠的背景知識，加上市面上也找不到"第一次分析生物晶片就上手" : "企鵝也會的生物晶片分析"這類的參考書，讓我深感苦手~"~a，還請各位解惑 : Q1:我發現很多資料格式中都有Gene Description、Gene Accession Number這兩欄 : 請問這兩欄的意義為何?字面上看來我能理解意思是基因的描述與編號，但又看 : 回資料本身(如下所示)，實在難體會其中奧義@.@，加上縮寫繁多，不知有類似 : 縮寫的查詢方式嗎? : ---------------------------------------------------------------------- : Gene Description Gene Accession Number : AFFX-BioB-5_at (endogenous control) AFFX-BioB-5_at : AFFX-BioB-M_at (endogenous control) AFFX-BioB-M_at : AFFX-BioB-3_at (endogenous control) AFFX-BioB-3_at : AFFX-BioC-5_at (endogenous control) AFFX-BioC-5_at : ----------------------------------------------------------------------- : Q2:生物晶片的paper會提到，其正規化方式是用log transfrome或是將mean值調整到0 : 等等...，我想請問網站上所載到的raw data，是已正規化後的嗎，亦或是我們要 : 自己處理? : Q3:如果我想找某個疾病的marker genes或顯著gene，我該到哪裡找尋?關鍵字如何下 : 比較好?同樣的基因是否有不同的名稱、縮寫? : 一下子打擾這麼多問題實在很不好意思~也感謝各位版友耐心看完與解答 <(_ _)> Q1 Accession Number 目前我的理解是方便用來尋找的index,這是每個資料庫自己內定的(你那應該不是ncbi出來的) Gene Description 應該只是描述這條序列是什麼, Q2 raw data 要看你的目的需求是什麼,不一定對方正規化後,你就不用在正規化一次 Q3 ncbi多多利用吧,google school也可同樣的基因只有一個id,但是因為有不同轉錄產物,所以可能有不同mRNA名稱而且,每個實驗室可能會找到類似的東西,所以當序列送入資料庫時通常會作序列比對,如果沒人發現,才會放入新的群組 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.138.155.220