Re: [問題]生物晶片資料分析

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者hajimels (阿一)時間16年前 (2008/08/15 22:28)推噓1(1推 0噓 0→)

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※ 引述《wscrush (請詳細填寫個人資料)》之銘言： : 想請問各位板友們有接觸過生物晶片資料嗎? 我第一次接到這樣的題目 : 因為沒有足夠的背景知識，加上市面上也找不到"第一次分析生物晶片就上手" : "企鵝也會的生物晶片分析"這類的參考書，讓我深感苦手~"~a，還請各位解惑 : Q1:我發現很多資料格式中都有Gene Description、Gene Accession Number這兩欄 : 請問這兩欄的意義為何?字面上看來我能理解意思是基因的描述與編號，但又看 : 回資料本身(如下所示)，實在難體會其中奧義@.@，加上縮寫繁多，不知有類似 : 縮寫的查詢方式嗎? : ---------------------------------------------------------------------- : Gene Description Gene Accession Number : AFFX-BioB-5_at (endogenous control) AFFX-BioB-5_at : AFFX-BioB-M_at (endogenous control) AFFX-BioB-M_at : AFFX-BioB-3_at (endogenous control) AFFX-BioB-3_at : AFFX-BioC-5_at (endogenous control) AFFX-BioC-5_at : ----------------------------------------------------------------------- 去 http://www.biomart.org 1. 點MARTVIEW 2. Database選Ensembl XX genes (xx=latest version) 3. Datasets看你是什麼物種我是用Homo sapiens genes (NCBI36) 4. 左手邊點Filters -> 右邊把Gene點開 -> 勾 Limit to genes ... 再來選你的chip -> 再來點Only 5. 再來左邊 Attributes -> Features -> 選你想要知道的 6. 點上方的 Results （可以下載成自己想要的格式）這樣就完成自訂化的annotation了 : Q2:生物晶片的paper會提到，其正規化方式是用log transfrome或是將mean值調整到0 : 等等...，我想請問網站上所載到的raw data，是已正規化後的嗎，亦或是我們要 : 自己處理? 看你是拿到什麼data 以affy的系統來說如果你老闆是純生物背景的就很有可能是給你用MAS5.0處理好的...（一舨就是拿到excel檔 MAS5.0比較沒那麼好說不過他的好處在於會給Present及Absent的Detection Call 可以做probes的QC 一般我在分析都是拿CEL檔 -> 用R ->以MAS5.0產生DetectionCall -> RMA 做pre chip的normaliztion 之後用BRB array tools 及 MeV4分析 : Q3:如果我想找某個疾病的marker genes或顯著gene，我該到哪裡找尋?關鍵字如何下 : 比較好?同樣的基因是否有不同的名稱、縮寫? 請愛用 http://www.genecards.org GeneCards 記錄了現在Gene正式的Gene symbol及過去的Alias 還不止這樣歐！～還有SwissProt, IPI, KEGG pathway, Microarray probe sets等資料絕對夠你用 : 一下子打擾這麼多問題實在很不好意思~也感謝各位版友耐心看完與解答 <(_ _)> 有問題可以再一起討論 -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【 http://www.wretch.cc/blog/hajimela 】|> -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 118.167.199.253