Re: [程式] 使用R cluster 處理microarray資料

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (evil)時間15年前 (2009/05/13 20:57), 編輯推噓1(105)
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http://www.wretch.cc/album/show.php?i=hgsfhevil&b=2&f=1516295336&p=0 我放在這裡面,不過他把我縮圖了 我主要是把中間那快移除掉,我只要是看他clust什麼 不是看那花花綠綠的東西 ※ 引述《hgsfhevil (evil)》之銘言: : ※ 引述《hermeslu (左慈)》之銘言: : : 想問大家一個問題, : : 我的狀況是資料比數太大, : : 使用hclust,將資料as.dendrogram,再str看結果, : : 可是資料太大即使捲軸在最高, : : 分群結果還是無法從頭開始。 : : plot更慘,完全擠在一起,根本看不出結果。 : : 圖片 : : http://rbbs.biosino.org/Rbbs/posts/list/756.page : : 想問版友: : : 1. 有沒有指令可以將分群結果輸出成 .txt ? : : 2. 或者其他分群package有包含可將分群結果輸出的指令? : : 重點就是 我該如何得到分群結果。 : : 先謝謝大家,等待好消息 : 用Mev去繪圖 : 有人知道要怎麼把中間,一大區塊的彩色圖片移除掉嗎, : 我主要是要看label(row,or gene)的分群 : 這樣的作法,根本看不到gene -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.138.155.182

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你應該是有distanc matrices吧? 用R的hclust可以做你要的
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抱歉我突然看到你已經討論用hclust了...我目前只有想到R
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其實我先用R hclust去做啦,而且我也有把圖片放大
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我像素用2048*2028,如果用原來大小去看,字分的很開
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但是用A4格式去印出來的字,還是擠在一起,這純粹是圖形
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表示的問題,真的是無解
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文章代碼(AID): #1A2iFGny (BioMedInfo)
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