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[問題] primer extension

看板Biology (生物學)作者 (( ￣ c￣)y▂ξ)時間16年前 (2009/11/11 17:02), 編輯推噓4(4推 0噓 11→)
留言15則, 6人參與, 最新討論串1/2 (看更多)
【問題】： 對於primer extension的步驟有點疑惑 1. 先從感興趣的DNA轉出transcript 5'▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ 3' RNA 2. 在transcript的某個位置hybridize with labeled primer 然後做reverse transcription 5'▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ 3' 3'▁5' <--primer ↓ 5'▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ 3' 3'▁▁▁▁▁▁▁▁5' 3. 轉錄出來的片段拿去跑電泳 4. 問題來了 接著是marker... 書上說的不太清楚 是用同樣的primer對????定序 拿來和剛剛跑出來的片段做比較即可知道transcript的5端在哪 問題一: 第四個步驟 marker是哪裡.......... 是指對extension部份做定序嗎??? 問題二: primer的互補端應該要為已知吧? 不然這樣怎麼bind到上面 既然是已知那不就代表序列也為已知=.=??? 還是說只是隨機找到一個已知片段所以想知道它轉錄起始點為何? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 114.33.55.37 ※ 編輯: drave 來自: 114.33.55.37 (11/11 18:54)
推
11/11 20:12, , 1F
我不確定書上寫什麼 但是要算DNA product長度可以跑電泳
11/11 20:12, 1F
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11/11 20:13, , 2F
這樣就知道你RNA transcript的5'端啦
11/11 20:13, 2F
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11/11 20:14, , 3F
另外 這個方法的限制是 你本來就要知道其中一部分的序列
11/11 20:14, 3F
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11/11 20:14, , 4F
才能設計出反轉錄的primer
11/11 20:14, 4F
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11/12 12:03, , 5F
所以直接拿extend出來的去定序就好了= =?
11/12 12:03, 5F
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11/12 12:15, , 6F
然後用一樣的primer去對原本的cloned DNA做定序 做為primer
11/12 12:15, 6F
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11/12 12:15, , 7F
是這樣嗎
11/12 12:15, 7F
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11/12 12:16, , 8F
打錯是 maker
11/12 12:16, 8F
推
11/12 14:37, , 9F
我朋友天天做, 但是我看不懂你的問題1, 問題2是要已知
11/12 14:37, 9F
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11/12 18:33, , 10F
冏...
11/12 18:33, 10F
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11/12 18:34, , 11F
問題一簡單來說就是 用primer跑出來片段之後 下一個步驟
11/12 18:34, 11F
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11/12 18:34, , 12F
是什麼
11/12 18:34, 12F
推
11/14 04:58, , 13F
找起始點 然後 這是以前的方法 會跟定序膠一起跑 可知base
11/14 04:58, 13F
推
11/14 08:47, , 14F
primer跑出來以後就是普通的sequencing啊
11/14 08:47, 14F
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11/19 13:13, , 15F
primer跑出來的product接下來通常就是電泳或是定序。
11/19 13:13, 15F
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[問題] primer extension
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16年前, 11/11
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