Re: [問題] primer extension
※ 引述《drave (( ￣ c￣)y▂ξ)》之銘言：
: 【問題】：
: 對於primer extension的步驟有點疑惑
: 1. 先從感興趣的DNA轉出transcript
: 5'▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ 3' RNA
: 2. 在transcript的某個位置hybridize with labeled primer
: 然後做reverse transcription
: 5'▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ 3'
: 3'▁5' <--primer
: ↓
: 5'▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ 3'
: 3'▁▁▁▁▁▁▁▁5'
: 3. 轉錄出來的片段拿去跑電泳
: 4. 問題來了 接著是marker...
: 書上說的不太清楚
: 是用同樣的primer對????定序
: 拿來和剛剛跑出來的片段做比較即可知道transcript的5端在哪
: 問題一: 第四個步驟 marker是哪裡..........
: 是指對extension部份做定序嗎???
通常跑的時候會跟ddNTP的定序膠一起跑 並用定序結果當marker
定序primer是同一primer
這樣可以知道transcriptional start site在primer後多長的位置 以及ATCG的哪個
: 問題二: primer的互補端應該要為已知吧? 不然這樣怎麼bind到上面
: 既然是已知那不就代表序列也為已知=.=???
: 還是說只是隨機找到一個已知片段所以想知道它轉錄起始點為何?
應該是說 以前不知到RNA轉錄是從哪個位置開始的
所以才有一堆實驗在找轉錄起始點 或是端點
primer extension / S1 mapping / Run-off transcription
不過現在由於HGO等genomic sequence database的發展
常見物種 幾乎都被定光了
這些就比較少見囉！
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◆ From: 123.193.73.119
推
11/14 14:05, , 1F
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