Re: [問題] Sub-cellular localization網站

看板Biology (生物學)作者lelojack (莉羅夾克)時間8年前 (2016/11/16 23:05)推噓1(1推 0噓 0→)

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※ 引述《over999 (唉呦)》之銘言： : 請問我想找關於基因表現出的蛋白 : 在細胞中的位置除了GeneCards和 Human protein Atlas之外有更好的網站有標出Sub-c : ellular localization嗎 : 謝謝! : BTW 我還想問 : Metacore/IPA等大資料庫中的Subcellular 是準的嗎有些基因在網站跟軟體中寫的位置 : 不太一樣欸 Gene ontology db 用過嗎? Ontologies Cellular Component These terms describe a component of a cell that is part of a larger object, such as an anatomical structure (e.g. rough endoplasmic reticulum or nucleus) or a gene product group (e.g. ribosome, proteasome or a protein dimer) 定義精細到我很難用例如底下這個分類超級細 Name transmembrane transporter complex Definition A transmembrane protein complex which enables the transfer of a substance from one side of a membrane to the other. http://imgur.com/a/rirAg 從上圖看得出來除了transmembrane transporter complex還有其他比較粗的分類你可以當作大分類及小分類的概念做高通量分析使用小分類會搞死自己，而用大分類又騷不到癢處至於證據資料庫也有標示證據程度由大到小 direct assay evidence used in manual assertion sequence similarity evidence used in manual assertion biological aspect of ancestor evidence used in manual assertion curator inference used in manual assertion physical interaction evidence used in manual assertion genetic interaction evidence used in manual assertion IPA等資料庫基本上都會參考這個資料庫的內容因為這個資料庫一來免費二來公開檢視資料應該對你有幫助 Jack -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 211.75.205.229 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biology/M.1479308727.A.448.html