Re: [請益] 細胞裡面組裝蛋白質的材料會剛好靠過來

看板Biology (生物學)作者microball (無華之果)時間4年前 (2020/05/26 09:31)推噓2(2推 0噓 3→)

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關於細胞內的酵素反應，大多數還是靠分子間隨機碰撞來達成少數會在酵素複合體中一次完成多個步驟隨機碰撞的參數不是很容易估計，因為跟溫度還有酵素的位能井有關不過酵素跟受質的密度是相對好估計的以氨基酸來說，細胞中有20種合成蛋白的氨基酸每一種的濃度都在 1 mM 以上，也就是每 1 um^3 的體積內有超過一百萬個氨基酸分子或說每 (10 nm) 立方的體積就有一個氨基酸分子另一方面，核糖體的直徑大約是 30 nm，所以可以想像每個核糖體隨時隨地周圍都有數百個氨基酸，每一種氨基酸大約有10-20個分子，這樣的密度是很高的當然，密度不能直接推論到碰撞頻率，這中間還有很多理論因為氨基酸這種小分子的擴散速率很快，一秒內的機率分佈就遍佈 1 um^3 的體積直覺上，中間有機會碰撞到的核糖體應該也很多但不是所有碰撞都是有效碰撞，還要看分子的 orientation 跟酵素活性口袋的大小實驗數值推斷上，蛋白質多肽合成的速率，在細菌裡面大約是每秒10個氨基酸 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1164221/ 印象中真核生物的速率更低一些。這個速率會比上述的碰撞頻率更低，因為酵素反應本身也會需要一定時間 ※ 引述《hwider (海裡的星辰)》之銘言： : ※ [本文轉錄自 ask-why 看板 #1UoHldiG ] : 作者: hwider (海裡的星辰) 看板: ask-why : 標題: [請益] 細胞裡面組裝蛋白質的材料會剛好靠過來 : 時間: Sat May 23 20:49:41 2020 : 我一直有個疑問，還沒得到解答，就是 : 1.細胞裡面胺基酸的濃度分布圖， : 2.以及為什麼核糖體在組裝多肽鏈時，胺基酸會自動靠過來？ : 3.還有RNA轉錄轉譯時，為什麼哪些材料會自動靠過來？ : 個人閉門造車的想，1.可能哪些胺基酸分布的位置就在核糖體所在的空間中，所以局部胺基 : 酸濃度特別高。並且，此局部細胞質裡面有液態地流動，讓各種胺基酸沖刷，讓核糖體有機 : 會碰到需要的胺基酸。 : 其餘2.3.可能也是同樣原理，只是不曉得對不對。 -- 1. 似乎在高中學過...的公式 7. 你能測度真正的內心嗎? 2. 那真是太令人高興了 8. 我，真是個笨蛋 3. 已經沒什麼好學習的了 9. 那樣的公理，我絕不容許 4. 極限、微分，都是存在的 10. 再也不可數的空間維度 5. 怎麼可能會發散 11. 最後收歛的 Banach space 6. 不可積絕對很奇怪啊 12. 我最愛的連續函數 <實分析少女小圓> -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 76.102.148.79 (美國) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biology/M.1590456713.A.388.html ※ 編輯: microball (76.102.148.79 美國), 05/26/2020 09:32:47 ※ 編輯: microball (76.102.148.79 美國), 05/26/2020 09:33:58 ※ 編輯: microball (76.102.148.79 美國), 05/26/2020 09:35:45