Re: [問題] 有沒有蛋白質3-D結構的prediction site?

看板Biotech (生命科學)作者niolas (要如何能值得?)時間20年前 (2004/10/15 23:56)推噓1(1推 0噓 0→)

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※ 引述《AmyK (四片葉)》之銘言： : ※ 引述《niolas (要如何能值得?)》之銘言： : : 當然有這種好東西啦~ : : 上expasy找swiss-model進去就可以預測自己的sequence, : : 或直接點網址 http://swissmodel.expasy.org/ : 謝謝你，我已經丟資料給網站了。 : : 他的左上方有個Modeling requests,點First Approach mode, : : 再來就輸入自己的E-mail還有想預測的sequence就可以了, : : 大概過了半天(4~8小時)他就會寄個pdb file過來了~ : : 他的原理是和已知結構的sequence做local比對,若相似就會有相同的 : : folding方法,算是用cluster的方法,有些protein會預測的蠻準的, : : 但我還蠻常收到和現實差距蠻大的結構 >"< : : 所以說感覺還是modeller的預測會好一些,因為他是利用 : 不過我還想用一下你建議的modeller， : 但下載程式下來後找不到可以開啟的程式.... >.< : 副檔名為top的也開不起來.. : 可以請教你該怎麼使用嗎？ : 謝謝~~ : : 給的sequence和已知結構的sequence做global比對,相似度高的 : : 再做類似的folding,所以會預測的準一些,只是缺點就是 : : 若你要的protein結構在database裡沒有相似的就比較容易預測失敗~ : : 提供一點小心得,有誤的話還請各為前輩指正,謝謝! 剛才查了一下modeller,網站有說明書可以download, 然後很多作業系統都有支援Unix,linux,Mac,WinXP,98,NT, http://salilab.org/modeller/modeller.html 別忘了要下載pdb的database~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.246.136