Re: [問題] 有沒有蛋白質3-D結構的prediction site?
※ 引述《AmyK (四片葉)》之銘言：
: 請問有沒有protein 3-D prediction site (當然是要免費的..)
: 另外，PDB只能看只有他們資料庫的蛋白質，
: 而且即使有我需要的，
: 卻不能標的出其中一小段蛋白質序列，
: 特別顯示那小段所在處，
: 還是要怎樣操作chime語列才可以看到呢？
: 謝謝~~
當然有這種好東西啦~
上expasy找swiss-model進去就可以預測自己的sequence,
或直接點網址 http://swissmodel.expasy.org/
他的左上方有個Modeling requests,點First Approach mode,
再來就輸入自己的E-mail還有想預測的sequence就可以了,
大概過了半天(4~8小時)他就會寄個pdb file過來了~
他的原理是和已知結構的sequence做local比對,若相似就會有相同的
folding方法,算是用cluster的方法,有些protein會預測的蠻準的,
但我還蠻常收到和現實差距蠻大的結構 >"<
所以說感覺還是modeller的預測會好一些,因為他是利用
給的sequence和已知結構的sequence做global比對,相似度高的
再做類似的folding,所以會預測的準一些,只是缺點就是
若你要的protein結構在database裡沒有相似的就比較容易預測失敗~
提供一點小心得,有誤的話還請各為前輩指正,謝謝!
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