Re: [閒聊] 系統生物學

看板Biotech (生命科學)作者kontracello (發揚無效精神)時間20年前 (2004/10/16 12:40)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ 引述《oplz (oplz)》之銘言： : 多謝你詳盡的解釋..讓我對 systems biology 有更多的瞭解 : ※ 引述《kontracello (發揚無效精神)》之銘言： : Yeah..我想應該是我沒有表達清楚. : 我所說的外領域的意思是 Biology 外的領域..包括物理化學數學資訊點點點 : 我的疑問在如果像日本那樣選 mycoplasma 當材料.. 因為它只有三百八十多個基因 : 自然是有辦法做到掌握全部基因對某些刺激的反應 : 但要講到人..像 ISB 弄免疫 model .. 現在做的成功機會大嗎? 這正是我的意思, 現在生物科學哪一項技術不是基於物理, 化學, 數學 ? 可能表面上不明顯, 可是如果看過去生物學的發展, 其實這些基礎科學幫了大忙. 或許是發展的太成熟之故, 變成 "理所當然", 隱藏在生物學的背後了. 現在看 systemsbiology, 只是把這個因素表面化了. 基因少當然是一個有利的因素, 以目前一般細菌而言也還沒辦法做到全部蛋白質表現的 profile, 頂多 1/3 吧. 更何況是真核生物. ISB 現在做這個成功的機會大不大我不太清楚 (在那邊他們也是跟你玩 "個人保密規定" 和反情報責任制度" XD) 不過他們知道他們要看的是某些特定分子的變化, 重點不是一網打盡或許在某些限制條件下還算是可行的. : 我想講的其實是 publication scale.. : 如果這種大規模的實驗已超過了 publication 一篇 paper 的 scale.. : 要怎麼讓人家願意跳進來? : 像 genome project 到後來 total sequencing 完才發表兩篇.. : 這樣子的合作方式.. : 會有多少實驗室的 PI 願意跳進來變成一長串名單裡的一個名字 : 這是我感到懷疑的地方在 PubMed 用 Aebersold 當作者找 paper. 第一面大概都是 ISB 或是和 ISB 合作發的論文. 撇開 ISB 自己的 paper 不說, 和 ISB 合作的模式通常是 ISB 提攻技術服務所以實驗主導是在別的單位, 和 ISB 基本上沒有關係. 因此 ISB的人是純掛名, 但是 ISB 部門繁多, 一掛就是一整串是免不了的. 剩下的除了比較次要的合作單位之外, 就是主導實驗室的人. 至於 PI 多不多, 其實是計畫本身的問題, 和 systemsbiology 無多大關係. (因為 systemsbiology 部門的人永遠就是那幾隻 ...) 當然, 如果不是 ISB 模式而是一大堆分散的實驗室的話就另當別論了不過據我所知有計畫要發展 systemsbiology 的單位都會先搞一個 service centre 出來, 例如中研院的某些所, 中心等等. 這也是我們努力的目標. : 所以 SysBio 在 ISB 注重的是 : systematic screening/experiments 還是 systematic approach ? : 因為我以為.. ISB SysBio 想做的是沒有特定目標的搜集資料.. : 希望能建構一完整的 biological system .. : 再用 computational biology 的方式來運算這個系統的運作 : 以及對各種刺激的反應情況.. : 這個最顯著的優勢就是可以可以用在藥廠對新藥的模擬 : 可以在最初就減去許多不必要的資源浪費 : 當然這種實驗常需要用到其它領域較新的技術像 single molecular tracking ... 這有點太理想化了, 事實上 ISB 幾乎用到全部的傳統生化/ 分生技術因為 systematic screening 只是第一步, 你說的 systematic approach 比較貼切, 而 systemsbiology 就是涵蓋這些的全部 ... : : 而專注於我要解決的題目, 這是一個很有利的條件. : : 在 ISB 每一個技術部門不只是操作, 還同時具有研發的能力 : : 這是不淪為純操作服務的方法, 也是我們去學習主要的目標. : : 哎呀...我也不知道 systemsbiology 到底定義成怎樣 : : 何必緊盯著字面上的解釋不放 ? : : 請記住我們要解決的是生物學上的問題 : : 而並不限定要用什麼領域. 想想看, 做個 genomic sequencing 跨了多少領域 ? : : 所以不能被領域所限制, 任何方法都是可能的手段 : : 最後一併回答 systemsbiology 可不可能成功, 能不能達成預期目標. : : 目前的技術可以確保實驗的成功是無庸置疑的 : : 但是實驗設計的目標有沒有達成要看實驗的深度 : : 譬如說我今天先做 genomic sequencing, 再做 quantitative proteomics : : 建構 metabolomics 的基礎, 這是一個所謂 systesmbiology 最初能給的東西 : : 接下來可能會發現更多有趣的地方, 是不是要純化某些蛋白質? : : biophysics, bioinorganic chemistry 的問題也要解決 : : 是否可以回答演化層次的問題? 這都是一步一步來的 : : 關於我在 Institute for Systemsbiology 做了什麼 : : 簡單的說是銅離子的濃度對於 M. capsulatus (Bath) 的影響. : : 此菌在不同 Cu 的外在環境會有很不一樣的蛋白質 profile : : 對於甲烷氧化的機制也大不相同. 若您真有興趣了解全部的細節 : : 可以在台大總圖用關鍵字 "嗜甲烷菌" 找一本 2004 年的化學系碩士論文 : : 對應的 paper 已經發出, 但是因為圖片的解析度被搞錯 : : 所以現在線上的版本沒有什麼參考價值 XD (反正圖也看不清楚) : : 等弄好了再貼上連結 :) : Thanks again for your detailed reply ! -- 名稱規格數量價錢備註圓底燒瓶 14/20 5ml 1支 $55 二學分專用圓底燒瓶 14/20 10ml 1支 $55 圓底燒瓶 14/20 25ml 1支 $65 圓底燒瓶 14/20 50ml 1支 $75 圓底燒瓶 14/20 100ml 1支 $80 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 61.226.88.164