Re: [問題] real time PCR

看板Biotech (生命科學)作者aggaci (有氣質的台客)時間19年前 (2006/05/24 21:32)推噓1(1推 0噓 3→)

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※ 引述《nothingelse (上邪)》之銘言： : 在設計primer的時候 : 原本是follow paper的設計 : 有先以傳統PCR test condition : 看起來是major band : 結果Q-PCR跑出來 (使用Roche lightcycler) : melting analysis可以看到三個peak (一般應該是要單一peak) : 而且溫度都是80幾度以上應該不是普通的primer dimer : 更神奇的是連H20 negative control都有這樣的pattern且螢光也隨時間增加 : 看起來似乎是primer不夠specific : 且primer或是H2O可能有contamination : 不過我重新解凍primer結果還是一樣 : 相對的HPRT的結果下H20就沒有signal 螢光都很低 : 且sample也是只有single peak : 懷疑可能是primer specificity真的太低了 (三個peak....orz) : 或是primer之間形成了dimer或是更多的...(tetramer??) : 後來上Roche公司提供的primer網站重新設計 : 結果他顯示沒有perfect或是good的primer : 只有less than good的...不知道到底可不可以用 : 重新設計或是用其他的軟體predict : 結果找到的似乎也難以避免會有primer dimer的形成 >"< : 不知道板上有沒有遇過這種難纏的gene : 最後是怎麼解決的 @@ : ps.primer dimer的prediction如果有四個mer會互相作用算是嚴重的嗎?? 一般來說我跑realtime pcr比較少去設計primer 都是去找PAPER 用他們用過的primer 或是來這邊找 http://medgen.ugent.be/rtprimerdb/search_primers.php real time pcr primer的database 試試看有沒你要的吧 -- http://0rz.net/da0PG 我的相簿.... -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.114.100.165