[請益] 關於基因專一性探針的問題(gene-specif …
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作者: transmore (小次郎) 看板: Biology
標題: [請益] 關於基因專一性探針的問題(gene-specific probe)
時間: Mon Apr 30 22:05:46 2007
因為實驗的需要
我要設計專一性的探針
用來分離、確認相似度非常高的基因(植物的gene family)
相似度高到約1000bp的基因只有約5個mer的差別
要找出大片段的差異區來設計probe是不可能的
但是如果在20bp的區域中有兩個mer的差異
這樣的probe能分辨不同的基因嗎?
舉例來說
如果我有兩段序列如下
1.***********GATGGTAGAGTGATACAGAC****************
2.***********GATGATAGAGTGATTCAGAC****************
^ ^
*表示完全相同的序列
如果我設計的probe是與1號序列完全配對的20個mer
用這樣的probe去篩選時
會黏到2號序列嗎?
又..如果會黏
我加高wash的溫度..可以讓他從2號序列洗下但還是黏在1號序列上嗎
如果加高溫度是可行的
那我要如何計算這樣不完全配對時的Tm值?
是直接扣掉那兩個沒配對的地方來計算嗎?
因為我沒有這方面的經驗
怕這樣小的差異..沒辦法讓我分離這兩個基因
想問問各位先進的看法如何
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※ 編輯: transmore 來自: 61.219.63.189 (04/30 22:14)
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