[問題] EMSA

看板Biotech (生命科學)作者 (睡覺去)時間18年前 (2007/07/26 14:03), 編輯推噓2(206)
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最近剛開始做EMSA的實驗 發現loading的sample 似乎都跑不下來 訊號大多在well 底部 以下是我的實驗條件 4% nondenature PAGE (37.5:1, acryl:bis) 1XTBE loading sample: NE + isotope labeled probe(38bp) + poly dIdC + salmon DNA + buffer C hot probe count: 28萬cpm/ul NE: 6.7ug/ul Lane1 是 不加NE 只有free probe 其他Lane 是分別做 固定NE 或 hot probe 作 titration (total 13ul) loading 前有wash well 也有pre run 30min 200V , run gel 是200V 1小時10分 壓片的結果 有看到底部有free probe 但是lane 1 (No NE) 與其他lane 在well 底部都有很強的訊號 lane 1 的訊號是有比其他lane 弱 是否有可能是protein complex 太大 跑不下來 或是有其他的因素使protein 沉澱在well底部 麻煩有做過EMSA的前輩能給予改善的意見 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.116.253.121

07/26 14:08, , 1F
Buffer C的成分為何??
07/26 14:08, 1F

07/26 15:37, , 2F
20mM HEPES+25% glycerol+0.4M NaCl+1.5mM MaCl2
07/26 15:37, 2F

07/26 15:41, , 3F
+ 0.2mMEDTA
07/26 15:41, 3F

07/26 20:25, , 4F
借這篇問一下~請問有人有比較過29:1和37.5:1的acrylamide
07/26 20:25, 4F

07/26 20:27, , 5F
跑出來有差異嗎?
07/26 20:27, 5F

07/26 21:01, , 6F
妳如何確定是否真的有protein 結合在上面?
07/26 21:01, 6F

07/26 21:03, , 7F
EMSA實驗 well會有訊號的強弱差異是非常正常的
07/26 21:03, 7F

07/26 23:40, , 8F
降低離子濃度 TBE濃度 V不要太大 well沖洗乾淨
07/26 23:40, 8F
文章代碼(AID): #16g3aijs (Biotech)
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