Re: [求救] PCR,以前做的出來,現在做不出來了?

看板Biotech (生命科學)作者 (愛自己最重要)時間18年前 (2007/10/25 15:45), 編輯推噓8(805)
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謝謝大家給的意見, 沒想到有這麼多人願意提供建議,真感動耶~ 不過我還是做不出來Orz 目前的進度是: 我今天換了不同位置的primer 結果依然還是沒有產物(dNTP也拿了一支全新的,Taq及buffer同時試兩個不同牌子) 實驗室的學長幫我試過原先的primer 改過條件,也是不行 (之前忘了說,舊primer跑不出來後,我有重新合成一支新的) 總不能睜眼說瞎話,"我沒有陽性菌株>.<" 明明之前曾經定序是ok的呀Q_Q 現在的想法是,應該是抽DNA出了問題吧, 只是想破頭都搞不清楚... 用Kit抽也還是跑不出來... 我想還是請個道士來實驗室做個法好了Orz ※ 引述《yumei (愛自己最重要)》之銘言: : 請教版上的PCR高手們, : 我目前做的題目是關於細菌的基因, : 我做的是陰性菌,目前在檢測細菌中是否帶有特定的基因, : 這個實驗在今年二月做過一部份,結果良好,一切都沒問題, : 因為之後收到更多的菌株,因此在九月時又重新進行此實驗 : 結果非常慘,再也跑不出來了! : 連之前二月做的陽性菌株,現在也無法跑出我要的產物 : 原先懷疑是PCR的問題 : 所以目前試過3家dNTP,4家Taq, : 調整過鎂離子濃渡由1.5mM試到2.5mM,結果連水都出現偽陽性 : 改變annealing的溫度下降2-4度 : 都無法再度amplify出正確產物, : 後來又懷疑是否DNA有問題, : 又重抽DNA兩三次 : (使用過phenol/chloroform/Isoamyl Alcohol的方法也試了用kit抽DNA) : 還是沒辦法Orz : 目前還沒試的,只剩下加DMSO了 : (等會就知道結果了T_T) : 可是我二月時不加DMSO也可以跑出來呀~~~ : 有人可以再給我不同的建議嗎? : 試了快兩個月了,再做不出來,我真的可以不用玩了Q_Q -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.96.207

10/25 16:23, , 1F
所謂陽性菌 有其他的[標準品]嗎 比方說菌種中心的
10/25 16:23, 1F

10/25 16:25, , 2F
少了control 很難知道是那裡有問題
10/25 16:25, 2F

10/25 16:50, , 3F
不要抽DNA 直接把菌resuspend在水中 然後煮個5分鐘
10/25 16:50, 3F

10/25 16:51, , 4F
接著直接拿菌水去PCR試試看 加熱就可以把DNA煮出來了
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10/25 16:52, , 5F
菌水只要有一點點濁 基本上就夠用了
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10/25 17:30, , 6F
像我一般做colony-PCR都是直接用牙籤挑一點點菌去做
10/25 17:30, 6F

10/25 17:32, , 7F
PCR program前面再多個94度C 3~5分鐘的步驟破菌即可
10/25 17:32, 7F

10/25 17:37, , 8F
前題我的菌是E. coli,PCR是來看transformation結果
10/25 17:37, 8F

10/25 18:10, , 9F
transformation的狀況質體copy數應該都比內部基因高很多.
10/25 18:10, 9F

10/27 10:36, , 10F
coloy PCR的話,如果用牙籤挑菌做不出來,可以改用黃Tip挑
10/27 10:36, 10F

10/27 10:37, , 11F
有時候是colony太小你沒挑到,乾脆用黃tip整顆挖起來
10/27 10:37, 11F

10/27 10:38, , 12F
另外,失敗的圖可以放上來讓大家看看,說不定可以看出原因囉!
10/27 10:38, 12F

10/27 10:43, , 13F
所謂的"陽性菌"DNA是保存在怎樣的環境?TE buffer比水存得久
10/27 10:43, 13F
文章代碼(AID): #1784cWe2 (Biotech)
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