Re: [討論] 如果要做一個基因被調控的機制

看板Biotech (生命科學)作者skylawer (skylawer)時間18年前 (2008/01/05 12:05)推噓1(1推 0噓 1→)

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※ 引述《hosaile (我和妳:))》之銘言： : 標題: [討論] 如果要做一個基因被調控的機制 : 時間: Fri Jan 4 20:33:01 2008 : : 假設目前我知道 A 基因在某個 cell line當中會被某個 compound 強烈活化 : : 但是加入了一個kinase inhibitor之後會被抑制到幾乎到跟control一樣低 : : 目前所知的條件有 : : 1. A gene的promoter sequence (不確定是不是全部的promoter 從NCBI上有發表過 : : 的paper中搜尋到的) : : 2. 知道兩個確定的transcription factor binding sites, 和兩個目前尚未確定的sites : : 你會怎樣開始研究這個基因被調控的機制呢？ : : 目前這個基因被研究主要都是在應用方面, 就是它的function有哪些, 但是本身被 : : 調控的機制卻是幾乎不了解。 : : -- : 我不是要寫期末報告 : : 而是我目前做的實驗遇到一個瓶頸不知道要怎麼繼續下去而且沒有paper可以參考 : : 而我目前的發現是一個transcription factor (B)的確會結合到promoter上 : : 而在加入kinase inhibitor後 in vivo下有稍微抑制其binding (幾乎沒差) Q1 : 很有興趣知道是那個實驗可以知道 "in vivo" 下, 一個 protein "確實結合到此 promotor的量得多寡" 是指加入inhibitor 後, 把 cell lysis 完去測 protein bind 上多少 target DNA嗎? : : in vitro則是看不到差異 : : 就目前的data來看尚未有直接證明 B 調控 A gene 的證據 : : 是希望可以往上面所提到的 B transcription factor對這個基因的調節的重要性走 : : 目前是有一些想法也跟老師談過了但是希望聽聽不同的意見 : : 麻煩各位版友了！ Q2: knock down B 是否與 A gene 表現成正相關 ----> 最直接證據 Q3: B 與那些 protein 有 interaction (IP?) ----> 找可能的 transduction pathway ----> 查文獻與資料 (到網路上查 microarray database) 看這些 protein 表現是否與 A gene表現成正相關 or 把與跟 A gene 有關的 microarray data 找出來也是一方法 Q4: B 是否有 phosphorylation? ----> 找證據磷酸化是否直接參與調控 B 的 function : : -- : ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) : ◆ From: 140.112.122.26 : 推 buterscotch:Northern analysis of the mRNA level of the gene?? 01/04 21:13 : → hosaile:樓上是否可以更清楚的解釋？是說在做怎樣的處理之後做 01/04 22:52 : → hosaile:Northern blot? 01/04 22:53 : 推 cutebetty:RNAi抑制B的表現然後用repoter gene看A基因的表現?? 01/05 01:05 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 219.68.72.22 ※ 編輯: skylawer 來自: 219.68.72.22 (01/05 12:21)