[求救] DNA總是切不好

看板Biotech (生命科學)作者 (天使光)時間18年前 (2008/05/01 23:14), 編輯推噓9(9011)
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我目前在做 Southern Blot 已經卡很久了 跟實驗室其他人用一樣的產品跟Buffer但很常沒成功 通常都是背景值過深 所以無法看出對比 但是我洗片的流程都有按照protocol再延長一倍的時間 前陣子好不容易做出來 但最近要做repeat data又發現DNA切不好 我用的酵素是EcoR1與BamH1分別對我的DNA做裁切 用的DNA濃度是20ng 之前用這樣的量切Kpn1+Bgl2都切的很好 但切單一酵素時大多數的DNA跑電泳後都累積在上面沒有切開 就算我減少DNA的量還是一樣= =" 我的切法是取20ng的DNA先用1.5 micro liter的酵素切3小時 3小時後再補1.5 micro liter 的酵素切 O/N 請問有什麼方法可以讓我的DNA切的比較好? 另外有減少Southern背景值的方法嗎? 我用的hybridazation temp.是60度C 非常的感謝版上大大的幫忙 謝謝 -- 在大海中泅泳的魚 你會不會也想要像飛鳥一樣翱翔 還是心甘情願的待在你的 水藍色天堂 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 210.209.240.239

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DNA純化的乾淨嗎?
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20ng很少耶
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DNA品質很重要~~不然切不動!!你做的濃度也太太太低了~
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看你enzyme加得量 我猜你是想講20microgram吧
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最後wash完再放到便當盒裡用0.1xSSC 喇喇~
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為什麼要三小時候再補加?
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他補加的目的應該就是怕酵素不夠力所以多加些
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用較high stringency的條件,同樓上說用低%的SSC與再高一點的
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溫度 我都用62度
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EcoRI和BamHI 37度切個3hr就夠啦不用切o/n(切不好可能你的
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enzyme或是reacction buffer有點問題
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我的DNA裡面的RNA的確較多 所以切酵素的時候我有添加
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RNase一起下去切 另外我用的濃度是micro gram
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昨天的確打錯了 = =||
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而enzyme跟reaction buffer都是新買的耶>"<
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BamHI請盡量不要切o/n,你只要E跟B都各加2ul直接切2h就夠了
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RNase理論上不會影響digest
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先確定是哪一個enzyme切不動? buffer是否需要加BSA?
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謝謝大家的熱情回答 後來已經有切好了 謝謝^^
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05/03 21:51, , 20F
可否把你動了什麼條件,使得實驗得以成功跟大家分享一下!:D
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文章代碼(AID): #186Tviub (Biotech)
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