[求救] protein database對應2D PAGE的問題

看板Biotech (生命科學)作者 (墮天使)時間17年前 (2008/08/01 23:29), 編輯推噓2(204)
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這次實驗我取的是21~31kD之間的點做in gel digestion,跑LC/MS/MS後對Mascot, 再除掉keratin後,有很多高分的candidate,Sequence coverage也夠高, 問題就在那一些的分子量都有50kD以上。 如果真的用2D的等電點和分子量對,candidate當場掉到只剩兩個, 而且coverage不到10%,所以要優先判斷是這兩個candidate也很沒說服力。 假如一個protein有好幾個peptides(ex:insulin),在SDS和DTT作用後應該都已經 被拆光,這時候跑SDS應該分子量會降低。 如果這時跑完LC/MS/MS後對Mascot database,candidate顯示的是只有那一條 peptide的sequence和分子量,還是native form的sequence和分子量呢? 如果真的顯示的是native form的資訊,那2D上的等電點和分子量不就完全沒意義 了嗎?這時要如何有效率的判斷呢? -- 太初有道,道與耶和華同在,道就是耶和華。這道太初與耶和華同在。 萬物乃藉祂所造,凡被造的沒有一樣不是藉著祂所造的。生命在祂裡頭, 這生命就是人的光。光照在黑暗裡,黑暗卻不接受光。 吾輩乃生於黑暗,行於黑暗。因神之指引,行向光明;又因撒旦誘惑,回歸黑暗。 我不斷地徘徊於光明與黑暗之間,從被造之日至今,又自今直到那審判之日的來臨。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 123.192.40.98

08/02 21:44, , 1F
看要不要用抗體夾夾看??
08/02 21:44, 1F

08/03 21:29, , 2F
直接查比對到的但白質是不是有subunit就好了吧?有的話
08/03 21:29, 2F

08/03 21:30, , 3F
基本上就是了吧,還有啊...為何會有很多高分的candidate啊
08/03 21:30, 3F

08/03 21:31, , 4F
啊?不夠專一嗎?挖到其他點嗎?我在使用Mascot時都不會設
08/03 21:31, 4F

08/03 21:32, , 5F
定分子量和pI,這樣分數會比較高,你可以試試其他DB,說
08/03 21:32, 5F

08/03 21:33, , 6F
不定可以直接match到其subunit
08/03 21:33, 6F
文章代碼(AID): #18aolHVT (Biotech)
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