[求救] protein database對應2D PAGE的問題
這次實驗我取的是21~31kD之間的點做in gel digestion,跑LC/MS/MS後對Mascot,
再除掉keratin後,有很多高分的candidate,Sequence coverage也夠高,
問題就在那一些的分子量都有50kD以上。
如果真的用2D的等電點和分子量對,candidate當場掉到只剩兩個,
而且coverage不到10%,所以要優先判斷是這兩個candidate也很沒說服力。
假如一個protein有好幾個peptides(ex:insulin),在SDS和DTT作用後應該都已經
被拆光,這時候跑SDS應該分子量會降低。
如果這時跑完LC/MS/MS後對Mascot database,candidate顯示的是只有那一條
peptide的sequence和分子量,還是native form的sequence和分子量呢?
如果真的顯示的是native form的資訊,那2D上的等電點和分子量不就完全沒意義
了嗎?這時要如何有效率的判斷呢?
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太初有道,道與耶和華同在,道就是耶和華。這道太初與耶和華同在。
萬物乃藉祂所造,凡被造的沒有一樣不是藉著祂所造的。生命在祂裡頭,
這生命就是人的光。光照在黑暗裡,黑暗卻不接受光。
吾輩乃生於黑暗,行於黑暗。因神之指引,行向光明;又因撒旦誘惑,回歸黑暗。
我不斷地徘徊於光明與黑暗之間,從被造之日至今,又自今直到那審判之日的來臨。
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