Re: [求救] protein database對應2D PAGE的問題

看板Biotech (生命科學)作者 (墮天使)時間17年前 (2008/08/04 23:08), 編輯推噓2(206)
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: ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) : ◆ From: 123.192.40.98 : 推 david31408:看要不要用抗體夾夾看?? 08/02 21:44 : 推 muchmoa:直接查比對到的但白質是不是有subunit就好了吧?有的話 08/03 21:29 : → muchmoa:基本上就是了吧,還有啊...為何會有很多高分的candidate啊 08/03 21:30 : → muchmoa:啊?不夠專一嗎?挖到其他點嗎?我在使用Mascot時都不會設 08/03 21:31 : → muchmoa:定分子量和pI,這樣分數會比較高,你可以試試其他DB,說 08/03 21:32 : → muchmoa:不定可以直接match到其subunit 08/03 21:33 其實這是我暑假實驗課的內容,所以不可能往下作抗體或是重跑一張2D, 我必須用這僅有的資訊得到最好的答案。 高分啊...比起pI和分子量OK的那個candidate來說,其他我都覺得很高囉!不過即使 如此,高分的coverage也不到15%,實在很難往下猜啊。 -- 太初有道,道與耶和華同在,道就是耶和華。這道太初與耶和華同在。 萬物乃藉祂所造,凡被造的沒有一樣不是藉著祂所造的。生命在祂裡頭, 這生命就是人的光。光照在黑暗裡,黑暗卻不接受光。 吾輩乃生於黑暗,行於黑暗。因神之指引,行向光明;又因撒旦誘惑,回歸黑暗。 我不斷地徘徊於光明與黑暗之間,從被造之日至今,又自今直到那審判之日的來臨。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 123.192.40.98

08/04 23:10, , 1F
coverage要看protein大小 ...
08/04 23:10, 1F

08/04 23:10, , 2F
然後..2D是個神奇的東西=3= 同個人同sample同機器
08/04 23:10, 2F

08/04 23:10, , 3F
都會有不同的結果=3=
08/04 23:10, 3F

08/04 23:13, , 4F
補完第一個推文好了...coverage只是參考用 不要太迷
08/04 23:13, 4F

08/04 23:14, , 5F
信他 100kD以上有15%就不錯了- - 還要考量到實驗新手
08/04 23:14, 5F

08/04 23:15, , 6F
操作過程中的一堆誤差...所以我覺得硬要去解釋打到的
08/04 23:15, 6F

08/04 23:16, , 7F
protein是啥有點牽強(個人意見)
08/04 23:16, 7F

08/05 09:28, , 8F
我的高分是指有超出random match的區域喔,應該不多吧?
08/05 09:28, 8F
文章代碼(AID): #18bnjd-_ (Biotech)
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