Re: [求救] 關於NCBI網站的使用方法
※ 引述《mitchlai (mitch)》之銘言：
: 假設你要進行大象(pyruvate dehydrogenase)之研究,且該之該酵素胺基酸序列及DNA序列
: 均未知,請由網路資料庫現有之資訊設計退化性引子,並說明如何應用在PCR方法求得該基
: 因之全長序列.
: 我只知道去NCBI的網站找~, 在 search 的欄位選擇 gene 這一選項嗎?
: 那FOR 是要打pyruvate dehydrogenase??還是什麼?接下來又該怎麼做?
: 請會的人告訴我~
: 謝謝~感激
1.)
gene輸入pyruvate dehydrogenase
選取你要的基因，點入。
中間有一欄為Genomic regions，選取你要的Form
點選FASTA，會出現基因序列。
選擇NCBI中的BLAST
將FASTA裡的序列複製到Primer-BLAST or Primer3網站
點選，電腦就會幫你把Primer設計出來
2.)
將電腦做出的Primer再去和其他Isoform或別的物種的相同基因進行BLAST
因為要的是degenerate primers，我們希望都能抓其他相似基因。
3.)
以上順利的話，把此段Primer，去抓你未知的DNA序列。
順利抓到的話，再做Inverse PCR應可知道此基因的序列。
PS
術語盡量用英文，退化性引子我第一次聽到。
NCBI中找到的序列，可以取變異性較小的片段來做Primer。
以上是我推論的，可行性不知，有錯請指教。
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◆ From: 61.230.8.174
※ 編輯: ftsyice 來自: 61.230.8.174 (11/13 00:14)
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