Re: [求救] 如何從未知序列篩選出興趣片段

看板Biotech (生命科學)作者nau9231 (nau9231)時間16年前 (2009/09/15 19:37)推噓1(1推 0噓 0→)

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※ 引述《yaliu (雅)》之銘言： : ※ 引述《nau9231 (nau9231)》之銘言： : : 我拿到一個新的嗜熱菌菌種。 : : 我用快篩知道它裡面酯解酵素(esterase)有很好的效果!! : : 可是它是新的菌種,基因序列都還未被定序出來。也就是說它是一個未知的序列。 : : 所以現在我不知道要如何取我感興趣的基因片段( 酯解酵素 )。 : : 用限制?酵素去切嗎?? : : 可是限制?酵素必須知道自己的基因序列才可以知道用哪種限制?去切。。 : : 可以給我一些建議嗎??我該如何把我要的基因片段拿出來呢!! : 是要將基因放大出來放到別的物種表現這個蛋白質嗎？？ : 如果你想知道這個序列長相，唯有將這段基因選殖出來 : 要作到表現，可能就要需要完整的基因序列 : 基因的選殖個人認為很靠運氣啦～下面跟你說有哪些方法可以知道 : 首先當然就是要先到NCBI搜尋相似物種蛋白質之胺基酸序列， : 多找幾個，再進行alignment，當然物種蛋白越相似越好 : 再來針對conserve region設計degenerate primer : 再PCR放大部份片段（template是chromosome） : 再來呢，將這個片段定序後得到此基因部份序列的長相 : 接著，以不同限制酵素切割你的chromosome : 接下來你有兩種選擇 : 1. inverse PCR : 2. 小範圍的genomic library: southern hybridization -->部份純化-->cloning---> : colony hybridization 或一個一個挑起來check (by PCR...) : 如果此酵素表現後，有很快速的方法可以知道他的存在 : 那麼clone就會比較好挑 : 以上是我知道的方法 : 若有更簡單的方法請版友補充 XD 請問那我NCBI序列比對，是要比對相似物種全部的序列嗎? 還是說拿酵素序列下去跟著比對?? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 122.116.237.214