Re: [求救] 關於phage display 篩選DNA binding do …

看板Biotech (生命科學)作者skylawer (skylawer)時間16年前 (2010/02/23 17:58)推噓1(1推 0噓 4→)

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※ 引述《reiosea (reiosea)》之銘言： : 各位前輩大家好 : 小弟最近於論文上遇到一個難題。 : 我的碩士論文主要使用phage display技術去篩選可能抑制target protein的peptides。 : 而我所選擇的目標主要有一個helix-turn-helix的DNA binding domain，其會與另一個段 : DNA前面的operator結合。我希望能透過找出會與其結合的peptide進而去阻止該protein : 與DNA binding. : 由於一般我聽過的Phage display通常以protein-protein interaction為目標。 : 而我現在選擇的為DNA-protein interaction : (亦即希望透過peptide與protein結合使其不與DNA結合) : 現在我的疑問是這個helix-turn-helix的DNA binding domain是否能跟Phage外表現 : 的peptide結合，我應該考慮的問題該是什麼？ : 我有嘗試想找出類似的實驗，有直接以DNA做目標的篩選，卻沒找到完全一樣的文獻。 : 希望各位前輩能不吝指教。 -------------------------------------------- 1. 如果預定的 peptide 是要與 DNA binding protein 結合 project 的合理性會被 argue DNA 一般帶 negative charge, 相對的可以預估篩選到的 peptide 可能也會 favor 帶 negative charge 然而一般細胞膜通透性來說, 帶負電荷的peptide 其通透性相當的差而如果目的是希望一個帶負電荷的 peptide 穿過層層的 membrane (cell membrane, nuclear membrane...) 到達核裡跟 target protein 結合進而到達抑制protein 與 DNA 的 binding 無異緣木求魚即便花前與花時間 in vitro 篩選到好的 candidate, 後在再與口試委員或 paper reviewer defense 的時候一定會被電得半死... 且即便此 peptide 在歷經千辛萬苦運輸到核裡也可能被 protease 給降解光光. ............................................. 這似乎不是很有 sense 的研究題目... ---------------------------------------------------------------------- 2. 如果 peptide 是要與 DNA binding, 且預計篩選出來的 folding 是 H-turn-H 那有特殊的 folding 的 peptide 是否容易通過層層膜運輸到核內也是一個考量一般而言 MW 超過 500 細胞通透性就容易受到質疑 H-turn-H 的分子量要超過 1000 相當容易, 所以size 影響細胞通透性是另一個考量 (sizes 太小 binding specificity 也容易受到質疑) 且 DNA binding protein 其對 DNA 的專一性並不是小範圍的 motif 就可以控制即便最難的細胞通透性與專一性問題克服了一樣有 protease 的問題要考慮 ........................................... 硬要用 phage display 篩選出 peptide, 或多或少會有結果 ps. Phage display 在表現出有構形的 peptide 可能會有困難可能會有自我篩選效果降低其 peptide diversity 要有初步實驗結果還不難但要發 paper.. 有點難 ※ 編輯: skylawer 來自: 140.109.65.76 (02/23 18:37)