Re: [求救] 關於蛋白質結構圖表~~~

看板Biotech (生命科學)作者missal (那些日子)時間16年前 (2010/05/02 08:48)推噓7(7推 0噓 0→)

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※ 引述《goldfish0909 (金魚)》之銘言： : 板上的前輩們好 : 我有幾張有關於蛋白質的表看不懂，麻煩板上的先進指導一下 : 表如下： : http://www.wretch.cc/album/show.php?i=goldfish0909&b=3&f=1090943466&p=13 : http://www.wretch.cc/album/show.php?i=goldfish0909&b=3&f=1090943467&p=14 : http://www.wretch.cc/album/show.php?i=goldfish0909&b=3&f=1090943468&p=15 : 如想要看原文獻的話，來信通知，我會寄給您的 : 先謝謝回答的人了 ~^^~ 這個表protein crystallographer通常稱為 Table 1 (雖然在你的paper裡並不是第一個表) 這個表裡記錄了一些data statistics 就像s板友說的基本上這個表告訴你你的data及model的quality如何分作兩部份: Data collection statistics和refinment statistics Data collection statistics 這部份告訴你xray diffraction所給你的data set品質如何還有晶體的一些基本參數 beamline x-ray的光源可能是同步幅射光或inhouse (通常是rotating Cu anode) 常用Cu K_alpha的波長 Space group 這個告訴你你的晶體的對稱性總共有230種可能性不過自然界沒有右旋的胺基酸所以沒有鏡面跟inversion對稱所以只有65種 Cell dimensions 組成晶體的單位晶格的參數 Resolution(A) 解析度你可以把這想成可以把蛋白質看的多'清楚' 數字愈小代表能解析的atomic detail愈多 Rmerge/Rsym Rmerge用在combine不同data sets的時候 Rsym則用再同一組data中; 基本上就是對同一個繞射點而不同的measurements之間的差別 I / σI 繞射強度/其誤差可以把他想成 signal to noise ratio 這個參數和R通常用來判斷取到的data quality如何 Completeness (%) 顧名思義就是data的完整性可能有些繞射點沒取到這個數就不會是100% Redundancy 對於對稱性比較高的晶體只要把他轉比較小的角度就可以取到完整個data set 有時候collect到的會比需要的更多例如一個繞射點(h k l)取了兩次或三次之類的 Rsym就是這樣來的你paper上的表叫multiplicity Unique reflections 承上;可能會收集到多於一組的(h k l) 所以這個數字代表你所有收集到的unique (h k l) Refinement Statistics 解x-ray stucture基本上就是去build一個atomic model 你要把你的model跟實際測量到的reflection做比較重複這樣的過程直到得到最佳的model 這個過程稱為refinement Resolution 跟上面的一樣 No. reflections 就是有多少unique的(h k l) Rwork / Rfree model跟實驗數值的差別通常在refine的過程中會把一些reflections取出來這些不參予refinement的過程剩下的那些就叫work set 用free set的好處是可以看refinement有沒有biased Rfree通常會比Rwork高一點因為這些set沒有參與refinement 可是如果Rfree比Rwork大很多可能說明你的model不太對 No. atoms model中的原子數 B-factors 表示原子位置多精確 R.m.s. deviations 這應該不用特別解釋就是RMSD Ramachandran plot 就是跟你說你的model跟protein的ramachandran比有哪些落在core/allowed/disallowed region === 基本上這個表代表了你model的可信度通常讀structure的paper已經愈來愈少人去看table 1了有時候甚至被放在supplementary裡面這就是為什麼前陣子會有很多fake structures了再這樣下去搞不好以後deposit structure還要把每個frame都附上 XD 有錯請指正 :) -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 74.103.82.162