[求救] 生物資訊學metagenomics關於R的問題
各位大德先進好
我的實驗是關於metgenomics的分析，
目前都已經利用MG-RAST的pipeline將資料做了初步的整理，
但我老闆希望我們能用R裡面的程式做一些統計分析，
我目前使用的版本是R-2.11.1，
我查詢了paper的結果是要使用vegan當作其中的library，
我安裝了，也用使用手冊做了一些初步的練習，
但問題就是我不知道要怎麼把我的contigs資料匯進去演算。
目前我懂得的叫出fasta file的方式是在某個library下寫出這個指令
list.files(path = system.file("sequences", package = "vegan"), pattern =
" .txt")
(.txt前面的空格是我的檔案名)
但是我無法知道要怎麼把這個和vegan分析的指令匯集在一起，
而且目前我只是用單個序列去測試，
等到我真正要分析metagnome時是得放上成千個contigs的，
現在完全不知道怎麼辦，
實驗室也沒有人知道，
請問有誰有相關經驗可以告訴我程式指令的嗎?
謝謝!
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